事业单位在编教师辞职被要求付违约金是否合法，取决于学校或者教育部门是否对其进行专业培训。
根据《劳动合同法》第二十五条规定，劳动者只有专业技术培训违反服务期约定和违反保密协议竞业限制约定的，用人单位才可以要求劳动者支付违约金。
而涉及劳动关系解除需要支付违约金的只有违反专业技术培训服务期约定的。
按《劳动合同法》第二十二条规定，用人单位对劳动者进行了专业技术培训（不是岗前职业培训），支付了培训费，可以在劳动合同或者培训协议中约定服务期，劳动者违反服务期约定的，应当向用人单位支付违约金。
但违约金的数额不得超过尚未履行期间分摊的培训费用。
因此，事业单位在编教师辞职，学校或者教育部门对其进行了专业培训，支付了培训费的，应当支付违约金；反之，则不需要支付违约金。
扩展资料：
1、法定违约金
由法律直接规定的违约金为法定违约金。
法定违约金是在一些法规（如《工矿产品购销合同条例》、《农副产品购销合同条例》等）中，明文规定的违约金比例。
合同对违约金作了原则性规定，且有关条例规定了违约金比例，适用法定违约金。
在此情况下，由于合同的内容、违约的性质、程度的不同，确定违约金的方法与数额也有所不同。
1）有关条例明确规定了违约金比例的，即可按该比例直接计算出违约金的数额。
如《工矿产品购销合同条例》第35条第5项规定，逾期交货的，应比照中国人民银行有关延期付款的规定，按逾期交货总值计算，向需方偿付逾期交货的违约金。
这里明确规定了延期交货的违约金比例为每日万分之三。
再如，《加工承揽合同条例》第21条第4项规定，逾期交付定作物，应当按照合同规定，向定作方偿付违约金。
以酬金计算的，每逾期一天，按逾期交付部分的酬金总额的千分之一偿付违约金。
由此可见，延期履行合同的法定违约金的计算标准是固定的。
各种滞期费、滞纳金等适用如上规定。
2）有关法规只规定了违约金一定比例范围。
这需要通过受理案件的人民法院或合同仲裁机关确定一定的比率，才能计算出违约金的数额。
如《工矿产品购销合同条例》第35条第1项规定，供方不能交货的，应向需方偿付违约金。
通用产品的违约金为不能交货部分货款总值的百分之一至百分之五。
一般来讲，不履行或不完全履行合同的法定违约金为一定的比例范围。
参考资料来源：百度百科-违约金