旷工三天自动离职不扣除工资，全额支付工资。
旷工三天的，用人单位可单方面解除劳动合同，劳动者没有经济补偿。对用人单位造成损失的还需要承担赔偿责任。员工无违法违规行为，员工与公司协商一致办理离职手续的，公司应该全额支付工资。员工按照公司的规定自动办理离职手续，若是给用人单位造成损失的，用人单位可基于法律规定要求劳动者赔偿损失。用人单位在确认员工未按规定履行请假手续而擅自离岗，且无正当理由的，用人单位基于劳动者这一事实行为作出解除劳动合同的决定的，则需进行以下流程：
1、应通过各种渠道联系员工上班；
2、结清员工工资，并办理好社保手续；
3、保留好员工所有的档案及相关资料。
【法律依据】
《工资支付暂行条例》
第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。