你是与A公司签订的劳动合同，为A公司提供劳动，所以你的劳动关系是与A公司建立的。如果辞职，应该向A公司提出。至于工资的实际发放，是从B公司账户上出的，这点不影响你的劳动关系性质。
如果B公司按照自己订的制度对员工扣钱，是不合法的。你应该向A公司反映，如果A公司不理睬，可以申请劳动仲裁。
以前，遇见合同和工资由不同公司来处理，往往会令人想到劳务派遣。但是如今中国的经济环境越发多样化。不少事业由多家关联企业来共同运营。这些关联企业的形式也非常复杂，有些是同一法定代表人，有些是同一大股东。近年来，海外上市兴起。中国法律对不少行业准入有外资限制，于是这些海外上市公司就通过VIE结构形成多家实质性关联企业。所以，你这样的情况还是属于关联公司的问题。
有些关联企业的人员管理比较清晰，实行谁用工、谁签合同、谁付薪的做法。而有些关联企业则合署办公，合并管理，人员关系错综复杂。如何在这样的经济体中明确劳动关系单位，对于确定权利义务承担方非常重要。
2005年劳动和社会保障部发布的《关于确立劳动关系有关事项的通知》中明确，假设用人单位没有与劳动者签署劳动合同的话，存在以下事项的，可以判断劳动关系成立：
一、用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；
二、用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；
三、劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
基于这一规定，我们基本可以将签署劳动合同一方作为判断劳动关系所在单位的首要标志。你的劳动合同是与A公司签署的，它就是你的劳动关系所在单位。
其次，根据该《通知》的表述，劳动者受哪个单位的管理，从事哪个单位安排的劳动也是判断劳动关系的标志之一。从你的描述可以发现，你是被A单位管理，为A单位提供劳动。所以A公司与你存在劳动关系非常确凿。
至于你的工资是由B工资发放的，社保用工办在B公司，这些不是判断劳动关系所在的根本依据。但是如果不存在前面所说的那些判断依据，或者很难判断，则可以把工资、社保的关系作为参考来使用。
既然确定了劳动关系在A单位，你的问题就迎刃而解了。如果你想辞职的话，应该依法提前30天书面向A公司提出。B公司擅自使用自己的规章制度扣你的钱，这是不合法的，你有权要回自己被扣除的工资。