一是重业务、轻党建的现象不同程度存在。个别单位对党建工作重视不够，存在重经济、轻党建的倾向，对党建工作责任制执行不力，就党建抓党建，务虚不务实，缺乏具体措施，致使疏于对党员干部的教育、监督和管理，班子软弱涣散。个别单位特别是一些非公企业和社会组织党的组织形同虚设，基本没有党组织的单独活动，支部活动则被干部职工活动和行政行为所代替。
二是党组织领导方式不能完全适应发展需要。随着城镇化进程加快和思想观念、价值取向日趋多元化，传统的领导管理模式已越来越不适应新形势和新任务的需要，特别是农村青壮年农民大量外出，农村人口“空壳化”和党员流动性增强，并由此产生流动党员管理难、教育难，党员发展难，组织学习难，后备干部培养难，村级干部选拔难等一系列问题，对基层党组织如何适应新形势新任务提出了严峻的挑战。
三是党组织服务基础比较薄弱。由于自然条件制约和各方面因素的影响，相当一部分乡镇财政和村集体经济薄弱，修路、架桥等公益事业无力去办，乡、村干部不得不把大部分精力用在"上跑"争项目、讨钱要物资上，从而严重削弱了基层党组织的执政能力、行政能力和为民服务能力，极大地影响了农村基层组织的自身建设。
四是党员队伍老龄化问题比较突出。随着人口老龄化趋势的凸显，特别是农村党员老龄化已成为农村党员队伍建设中的一个十分突出的问题，一定程度上制约了农村党建工作水平的提升。以石嘴山为例，全市共有农村党员9301名，其中60岁以上党员3138名，占农村党员总数的33.7%，超过三分之一，党员老龄化问题已经比较严重，给党组织正常开展活动带来了很大的压力。
五是党员教育培养缺乏有效途径。一些基层党组织制度不完善，管理松懈，组织生活不健全，“三会一课”制度坚持和落实不够，抓党员队伍建设力度不大、思路不清、措施不力、工作不到位。一些基层党组织对党员的教育管理手段比较落后，思路不宽、办法不多、形式单一，再加上少数党员党性意识淡薄，“三不”党员时有发现，一定程度上削弱了党组织的凝聚力、号召力。
基础不牢，地动山摇。基层党组织作用发挥的好与不好，既受到客观因素的制约，也受到外部环境的影响，这就要求基层党组织建设的工作任务、组织形式、活动方式和工作方式，必须适应时代要求和发展需要。
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