近年来，随着经济社会的快速发展，农村基层党组织和党员队伍建设得到不断加强。但是，面对构建农村和谐社会的迫切需要，当前农村基层党组织和党员在作用发挥方面还存在一些不容忽视的问题，有待进一步解决，主要表现在以下几方面：
一是执政意识有所淡化，影响了党在农村的执政基础。随着市场经济的发展，特别是当前“四个多样化”的社会背景下,人们的价值观受到很大的冲击。在农村，不少农村党组织认识不到自己的领导作用对党的执政地位的意义和影响，他们觉得“执政是中央和各级地方党委的事，与我们基层干部关系不大”。一部分党员干部认为，自己的身份离“执政”十分遥远，执政意识薄弱。导致一些党员干部特别是新当选的党员干部缺乏奉献精神，出现党性观念淡化，理想信念动摇等不良倾向，只顾自家发财致富，无心办理民事村务。 二是知识结构不够合理，制约了先锋模范作用的发挥。目前，农村党员所受的教育程度相对较低，造成了他们对新技术、新知识的接受能力普遍较差，对市场经济还停留在粗浅和模糊的认识水平上，对农业产业化、市场化缺乏必要的思想和物质准备。
三是管理模式严重滞后，不适应农村经济社会的发展。随着市场经济的迅猛发展和城乡一体化进程的加快，农村地区农民生产生活方式产生了巨大的变化，生产方式从单一的农业生产转变为多种经济方式并存，农村的社会发展和党建工作遇到了许多新情况新问题。但有些基层党组织还没有完全摆脱传统的管理理念和工作方式，与时俱进、开拓创新意识不强，缺乏改革精神。整天忙于事务性工作，“大事小事一把抓”，不能做到充分发挥领导核心作用。
四是群众工作能力弱化，导致了基层党群干群关系不和谐。随着农村改革的深入推进，农村不同主体之间的利益需求、各种利益关系的分配整合，必然引发出一些新的矛盾和问题。这些矛盾和问题有些是过去从未有过的，这就要求农村基层党组织要提高自己做好群众工作的本领。但一些农村基层党组织随着生活条件和工作条件的改善，形成了基层组织机关化的倾向，整天坐在机关里应付面上工作，而没有真正地深入农村群众，导致很多基层党员干部特别是年轻干部，缺乏深厚的群众感情和丰富的群众工作经验，面对新情况、新问题，束手无策，当与群众的意见不一致时，不善于用说服、教育的办法去引导，习惯于用命令、压服的方法去要求群众。缺乏解决群众问题的本领，使农村中的矛盾升级，引发上访，甚至发生群体性事件，导致部分地方农村基层党群干群关系不够和谐。
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