《土地登记办法》第四十条规定:“因依法买卖、交换、赠与地上建筑物、构筑物及其附属设施涉及建设用地使用权转移的，当事人应当持原土地权利证书、变更后的房屋所有权证书及土地使用权发生转移的相关证明材料，申请建设用地使用权变更登记。”然而，一些业主在进行房地产交易时，办理完房屋产权证过户，经常想当然地以为手续已经办理完毕，并不在意国有土地使用权是否过户。
事实上，对于土地使用权证书和房屋所有权证书分离的房产而言，不及时办理土地变更登记手续，可能会影响房屋所有人维护自己的权利。依据《土地登记办法》第七十条规定，依法登记的国有土地使用权、集体土地所有权、集体土地使用权和土地抵押权、地役权，才能受到法律保护。
如果所购房屋的土地使用权没有得到法律确认，在实际操作中就无法判定所购房屋的用地是否合法。没有土地使用权证，该房屋的土地使用权不能抵押贷款，而且有被原土地使用者抵押的危险。笔者在以往的工作中，经常会遇到这样棘手的案例:买方购买房屋后，一直未办理土地证过户。若干年后，买方因小孩入学、迁入户口或办理抵押业务等事项，急需使用土地证时，才申请办理土地证过户手续，但由于房产价格呈持续上涨的态势，卖方对当时的买卖行为感到后悔，就不予配合。遇到这种情况，有的通过协商给予原房主一定补偿达成土地交易行为，有的甚至走上司法程序。
此外，经国土资源部会签，原建设部发布的《已购公有住房和经济适用住房上市出售管理暂行办法》规定，已购公有住房和经济适用住房上市必须提交房屋所有权证和土地使用权证书，没有土地使用权证的房屋不能上市出售。所以，更为棘手的纠纷往往出现在数年后卖方其中一位已过世之后。过世一方的遗产继承人包括其配偶、子女、父母。这时，如果买方想要过户，首先必须征得所有遗产继承人的同意，其次必须通过公证处公证。所有这些情况，房屋买方都需花费大量的精力和财力，如果当时及时办理了土地过户手续，这些麻烦是应该可以避免的。
再者，公寓式住宅因其在售房时已将房屋所占土地及附属公共用地计入房屋总价，购房人应共同享有这部分土地的使用权，但若不办理住房用地登记，这部分土地的权利及范围就不能在法律上予以明确，容易被其他人侵犯。
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