首先得说一下导电性与溶液中粒子的总电荷数和浓度有关，浓缩胶是pH6.7，分离胶pH8.9，电泳缓冲液使用的Tris-甘氨酸缓冲系统，在PH6.7下，HCL的主要离子是CL-，而H+微乎其微。在电场下离子会移动，导致电荷分布不均匀，由于CL-浓度大，所以在电场中移动得快，而甘氨酸由于主要呈现两性离子（也就是甘氨酸氨基带正点，羧基带负点）的状态，总电荷之和接近0，在电场中移动很慢，所以这样导致CL-游的快，而甘氨酸游的慢，蛋白质分子在它们之间很尴尬的局面，由于后面有甘氨酸垫底，所以他们都还有希望，但是CL-跑的老远，所以是既有希望压力也是大大的（电荷的移动就是为了平衡使得电压变小，就是由于这种电荷极度分布不均导致CL-和甘氨酸之间电压很高，但是由于它们一个太快一个太慢导致之间的电荷少，所以导电性不高），于是蛋白质在它们之间移动的动力很大（电压高），但是阻力也大（电荷量少），就好比你把百米赛跑的视频左右压缩成1厘米的程度，这样就导致它们慢慢的被压到一起。
就拿赛跑举例子，在浓缩胶处，蛋白质看到前面一大群兔子在前面领先了老远，而后面的乌龟爬的慢死，这个时候有压力，蛋白质说：“兔子（CL-）也敢狂，我们疯狂的蛋白质还跑不过它们？兄弟们走起”蛋白一群就奋勇直追，可是蛋白质只能看到兔子跑起来扬起的灰，心中希望却感觉现实残酷理想不可及，却不怎么能跑的很快，蛋白质虽然疯狂却一直是一群没有分散。后来到分离胶处时，由于PH=8.9，此时乌龟（甘氨酸）变身成为忍者龟，一下子就跑到疯狂蛋白质前面去了，结果这个时候的蛋白质由于体质体型差异，而且垫底了，心里承受不了，有些就玩不了了，渐渐自心下慢了，而有些还是斗志昂扬，依旧追赶，于是蛋白质兄弟们就分开啦！
真的是想的头疼，当初也被这个问题难住，今天感觉好像懂了点，就举了一个这样的例子！