法律分析：第一，目的不同。
绩效工资的目的在于约束，奖金的目的在于激励。绩效工资的实质是“岗位价值押金”，将员工对应的基本工资分拆成两部分，一部分作为固定工资发放，另一部分作为绩效工资根据员工个人绩效表现调整发放。奖金的实质是“企业业绩分红”，即从企业业绩目标的超出部分中，拿出一定数额的业绩奖金，有差别地分配给企业员工。
第二，权重比例不同。
绩效工资的权重一般占 “基本工资”的20%到几倍不等。而奖金一般无权重比例限制，上不封顶，一般视企业业绩或效益而定。
第三，要项构成不同。
绩效工资是常规项目，奖金是非常规项目。绩效工资根据部门及岗位表现发放，有一定的范围区间，不是有没有的问题，是多与少的问题;而奖金是企业的一种额外付酬方式，视企业效益而定，达不到预定的绩效目标或企业总体经济效益不理想的状况下，可以不发。
第四， 挂钩侧重不同。
绩效工资更多与个人绩效表现关联，直接受个人绩效表现波动的影响;而奖金意在牵引员工关注企业的整体业绩表现，主要受企业整体业绩表现的影响。
法律依据：《事业单位人事管理条例》 第三十二条 国家建立激励与约束相结合的事业单位工资制度。
事业单位工作人员工资包括基本工资、绩效工资和津贴补贴。
事业单位工资分配应当结合不同行业事业单位特点，体现岗位职责、工作业绩、实际贡献等因素。