一级主任科员全年工资高于二级主任科员在1万元以下。前面说了，每个月一级主任科员发到手的工资也就比二级主任科员多200多元，这样全年工资也就多2000多元。我们这边的公务交通补贴在正科级以下都是一样的，每个月是650元，一级主任科员和二级主任科员都是650元，所以没有差别。另外，年度考核绩效奖原来是按照个人工资的三倍来核发的，今年开始，年度考核绩效奖按月发放，月工资当中也参加了基础绩效奖这一项，一级主任科员和二级主任科员也都是一样的，没有差别。但按照以往的惯例，考核绩效奖年底还会发放一部分，这部分是与工资待遇是挂钩的，因此一级主任科员肯定会高于二级主任科员，金额大概在几千元以内。所以，综合来看，一级主任科员的在职年工资待遇比二级主任科员要高，但大概也就高于几千元，不会超过1万元。

以上谈的是在职工资待遇，退休后的待遇，也大抵是如此。在养老金并轨之后，也就是在2014年10月之后，机关事业单位工作人员都是要缴纳养老保险的退休后的待遇也是按照缴纳养老保险的多少来计算；当然，在2014年10月前参加工作的年限也视同缴费年限。现在退休的话，都属于机关事业单位当中的“中人”，也处在10年的过渡期内，养老保险待遇有“保底限高”的政策，即：用新老两种办法计算养老金，如果新办法计算出的养老金低于老办法，那么就采用老办法计算养老金；如果用新办法计算出的养老金高于老办法，那么其差额按比例发放。
这样的话，老办法计算养老金主要看退休时的职务职级和工作年限，一级主任科员和二级主任科员在职级上相差不大，工作年限和视同缴费年限都一样的话，退休待遇也是差不多的，一级主任科员可能只会略高于二级主任科员。如果采用新办法计算养老金，因为一级主任科员的在职工资待遇也只是略高于二级主任科员，这样也就导致一级主任科员缴纳的养老保险也只是略高于二级主任科员，视同缴费年限一样，一级主任科员用新办法计算的养老金也基本上比二级主任科员略高。实际上，一级主任科员养老金待遇可能也就比二级主任科员要高100元左右。
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