法律分析：双方协议是指高校毕业生与用人单位定了的协议，三方协议是毕业生、学校与用人单位联合以《高校毕业生就业协议书》为范本订立的协议。区别有：1.主体不同。三方协议的主体是三方，即学校、毕业生和用人单位;而双反协议即劳动合同的主体是两方，即劳动者和用人单位；2.适用法律不同，双方协议一般适用《劳动法》、《劳动合同法》，三方协议一般适用《民法典》；3.效果不同，双方协议是劳动合同，订立即有效，三方协议仅为订立劳动合同的依据。
法律依据：
一、《中华人民共和国劳动合同法》第十条 【订立书面劳动合同】建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。
已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。
用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
二、《中华人民共和国民法典》第一百三十四条 民事法律行为可以基于双方或者多方的意思表示一致成立，也可以基于单方的意思表示成立。
法人、非法人组织依照法律或者章程规定的议事方式和表决程序作出决议的，该决议行为成立。