法律分析：1、电话通知李某回来上班
人资部门要电话通知李某尽快回来上班，并做好电话录音，以备后面作为证据使用。李某不同意的话，就告知不来上班又没有办理请假手续是要按照旷工处理，旷工达到制度规定的天数予以开除处理。
2、与李某沟通
李某返回公司上班，就要与其进行沟通。针对试用期间的表现等等，劝服李某主动离职。
如果李某不主动离职，可以按照李某严重违反公司制度予以辞退。当然，前提是公司有相关制度。
3、李某不来公司办理手续
发生此时的情况时，当李某不来公司，拒不办理手续，不来上班的日子达到公司开除的天数，可以书面下达开除通知，并邮寄到李某家里。邮寄时做好证据的保留，例如拍照，邮局的单据等等。
4、公司实在没有相关制度
如果公司没有关于迟到旷工之类可以开除的制度，只能参考劳动合同的约定，看看李某有没有虚假隐瞒的地方，根据此隐瞒成分对公司的影响大小予以开除或是其它处理。否则，只能按照法律规定赔偿李某，并予以辞退。具体经济补偿金和赔偿金请参考《劳动合同法》39、47、48、87条的规定。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条 第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。