司马迁充分考虑到《史记》的内容有批判性，很有可能被武帝焚毁，就安排了一些保护措施。他在《报任安书》里说，《史记》写完之后，要“藏之名山，传之其人通邑大都”的。比如说，藏在深山里，你想烧也找不到，就可以流传后世；或者让自己的后人，在一些大都邑里传播，把《史记》流入民间，这样一来，想禁书也不可能禁得彻底———够小心谨慎的！
《汉书》说，“迁既死后，其书稍出”，足见《史记》是在司马迁身后，才稍微流传于世。
司马迁死后，他的家人把一部《史记》转移藏匿在他女儿司马英家中。司马迁有两个外孙，大的名叫杨忠，小的名叫杨恽。杨恽自幼聪颖好学，他的母亲也就是司马迁的女儿把自己珍藏着的这部《史记》拿出来给他读。杨恽读此书，便被书中的内容吸引住了，爱不释手，而且每读一遍总是热泪盈眶，扼腕叹息。在汉宣帝的时候，杨恽被封为平通侯，这个时候他看到当时朝政清明，想到他的外祖父这部巨著尘封了二十年，也该是重见天日的时候了，于是上书汉宣帝，把《史记》献了出来，公开发行，从此天下人才得以共读这部伟大的史著。