吴三桂在造反的时候，他的军事实力并不是十分强大，刚刚决定要起兵时，能够直接调动有战斗力的兵力大约是32200人，在后来的过程中兵力慢慢扩展到了接近20万人；其他各路起兵的人马大约有30万左右，虽然这些兵马打着和吴三桂一样的反清旗号，但这一部分兵力吴三桂并不能指挥调动。所以，以吴三桂为首的三藩之乱，鼎盛时期总兵力接近50万人，而在当时，康熙所能够调遣的八旗兵力也只有区区20多万。
吴三桂引清兵入关之后，为满清入主中原立下了赫赫大功，亲手绞杀了南明永历帝，因而吴三桂被封为平西王，坐镇云贵。
从某种意义上来说，吴三桂并没有像他说宣称的那样驱除鞑虏，他之所以起兵，也不是想当皇帝，其实还是被康熙强行削藩所引发的。吴三桂起兵之时已经是60多岁的人了，为满清效劳长达29年之久，当上平西王也有14年的时间了，不管怎么说，若无自身面临巨大的变故，断然是不会走上起兵反叛之路的。
吴三桂当上平西王是很满足的，这从康熙4年主动裁撤兵力可以看出。
康熙4年，吴三桂上书，称云贵一带反清势力大多被消灭，因而提出削减云贵一带部队数量。这一次陆续裁撤到53个佐领，按照每个佐领200人算，就是10600人，当然这些人基本上都是就地安置，在吴三桂起兵后又重新披挂上阵，那之后吴三桂有编制的下属为绿营兵四镇十营，共计21600人，这些士兵都是身经百战，骁勇异常，战斗力远远高于此时的八旗士兵。
当时清朝在南方的八旗兵力是远超吴三桂兵力的，但一开始交战，就被吴三桂给打得丢盔弃甲，很快吴三桂就控制了广西、湖南等地，加上尚可喜、耿精忠、王辅臣控制的地盘，其实已经占据了半壁江山，加起来的兵力远超满清八旗兵力。
吴三桂最后之所以失败，主要还是源于自身，这主要体现在吴三桂只想割据南方几个省份，维持他平西王的地位，并没有推翻满清朝廷的想法，所以战事相持在两湖之间，这种想法也是大多数跟随他起兵将领们的想法，这些将领只想维持住他们已经拥有的财富和地位，推不推翻满清对于他们来说并不重要。
清朝的综合实力还是要远远超过吴三桂的，无论从经济层面还是社会层面，只要不是快速溃败，恢复生产能力是非常快速的。
导致吴三桂最后失败的原因还有就是一些墙头草盟友，比如尚可喜、耿精忠、郑经等，先后又降了清朝，致使反清的兵力大大削弱，形式对吴三桂极其不利。
所以，从吴三桂反清开始，从军事实力上来讲，对比清朝拥有的兵力一开始是占有一定优势的。