在恢复和发展生产的同时，朱元璋大刀阔斧地进行政治体制改革。洪武九年(1376年)废除行中书省，在全国陆续设置了13个承宣布政使司，主管民政和财政，另设提刑按察使司掌刑法，都指挥使司掌军事。三司互不统属，直接对朝廷负责，从而加强了中央对地方的控制。洪武十三年(1380年)下令罢中书省，废丞相，中国历史上延续已久的丞相制度从此废除。同时改大都督府为五军都督府。都府尽管兵籍和军政，军队的调遣和最高指挥权掌握在皇帝一人之手。洪武十五年(1382年)改御史台为都察院，负责纠察文武百官。又特设军事特务组织锦衣卫，归皇帝直接指挥，负责保卫皇帝，侦缉奸宄，审理“诏狱”。鉴于汉、唐时期宦官专权、后妃乱政的历史教训，朱元璋严厉禁止宦官、后妃干预政事。这些措施的实行，使中国专制主义中央集权的政治制度发展到了一个新阶段。