首先是废除行省制.1376年,朱元璋宣布废除行中书省,设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司,分别担负行中书省的职责,三者分立又互相牵制,防止了地方权力过重.
在军事上,朱元璋废除了管理全国军事的大都督府,将其分为中、左、前、后、右五军都督府,并和兵部互相牵制.兵部有权颁发命令,但是不直接统帅军队,都督府掌管军队的管理和训练,但是没有调遣军队的权力.这样,军权便集于皇帝之手.
在中央机构改革的重点是废除丞相制.明初中书省负责处理天下政务,地位最高.其长官为左、右丞相,位高权重,丞相极易与皇帝发生矛盾,明朝时以胡惟庸任相后最甚.
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