在政治方面，明清时代的君主绝对专制与政治残暴，不能完全归咎于蒙元。明代政治的残暴化固然受到蒙元，乃至金朝先例的影响，明太祖的强化君权却非直接受到元朝的影响。元朝晚期的政治混乱为明太祖建国立制提供反面教材。太祖一方面继承宋朝以来君权上升的趋势，另一方面力求革除元季政治弊端而加强皇权，但因真个人性格以致矫枉过正。
在经济方面，过去学者显然夸大了蒙元统治对中原经济发展的负面影响。蒙元征服与统治虽然加深人口分布与区域经济的不平衡，但整体经济的发展并
未受到甚大影响。
在社会方面，根脚制、族群等级制与户计制的影响互不相同。根脚制与族群等}J系元廷运用政治力量所设定，对中原社会的短程冲击甚大。但是，此一制度并未改变原有基于经济力量而成长的社会阶级制度。蒙元政权崩溃后，蒙古、色目人的特权地位随之消失，中原的社会结构基本上恢复蒙古征服前的原形。元朝户计制度为明朝所承袭，此一制度加强了国家对社会的控制，影响了人民与国家的关系。
在民族方面，蒙元为一民族大迁徙与大棍居时代，当时各族群交往之密，蒙古、色目人受汉文化影响之大，远超出前辈学者的估计。虽然由于当时蒙古、色目人享有甚多特权，并未真正“汉化”，却为明初的民族大融合创造了条件。
在文化方面，外来文化对中原文化并未产生重大影响。而中原文化在此期间的新发展，如道学确立为官学、市民文化之提升、文人主义的兴起与文人画的兴盛，与外来文化及蒙元朝廷政策皆无直接关联。而是宋金时代早已存在的一些趋势在蒙元特殊政治社会环境中发酵的结果。
从以上五方面看来，蒙元统治对中原政治、社会与文化的影响较为深远。君主专制与政治残暴化造成明、清二代政治上的肃杀凛冽的气象。户计制的延续加强政府对社会的控制并成为明清君主专制的基础，而道学的确立为官学则削弱道统抗衡君权的力量，也局限了学术文化的发展。与宋代相较，元代以后君权明显上升，而政府对社会与文化的控制则较前增强。
但是，整体言之，中原文明在蒙元时代虽经历空前严峻的考验，却能浴火重生，而且并未偏离原有的发展主线。在蒙元覆亡之后，中原文明的核心特质如儒教国家、君主专制、官僚组织、士绅社会、士大夫文化以及以汉族为中心的族群结构等皆无根本的改变。宋、明之间文化发展的延续性大于中断性。 为何中原历史文明的发展末因蒙元统治而发生重大的改变?除去中原文明本身的优越性与生命力、蒙古人口稀少与文化落后以及元朝历年不久等尽人皆知的因素外，元、明两朝政权对中原文明的延续亦有贡献。忽必烈是倚靠中原的人力与物力而夺得帝位，元朝亦是以中原为政治重心，不再是一个草原国家。忽必烈及其继承者虽号称为蒙古世界帝国的“大汗”，但为加强其统治的合法性，不得不以中原的正统帝王自居，因而必须尊崇中原的典章文物，照顾臣民的生活福社，对中原文明未曾过度摧残。而明太祖建立明朝，是以“驱逐鞑虏，恢复中华”为号召，在其建国之后则是以“复古”政策为主调。即是清除胡元的影响与恢复汉文化的基本精神与政治社会秩序，由于此一国策，明太祖在扫除蒙元统治遗痕与恢复中原旧制方面作出不少贡献
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