益生菌通过与有害细菌竞争氧、营养和定植位点，抑制有害细菌增殖，从而改变肠内菌群平衡，使肠内环境得到净化。通过抗氧化作用、抗变异作用、生理活性作用、免疫刺激等方式对宿主发挥机体调节、机体防御、预防疾病、治疗疾病等功效。
这里例举几种益生菌类药物的适应症。
1、地衣芽孢杆菌活菌：用于细菌或真菌引起的急、慢性肠炎、腹泻。也可用于其他原因引起的肠道菌群失调的防治。
2、双歧杆菌活菌散：用于肠菌群失调引起的肠功能紊乱，如急、慢性腹泻，便秘等。
3、酪酸梭菌二联活菌散：用于急性非特异性感染引起的急、慢性腹泻，抗生素、慢性肝病等多种原因引起的肠道菌群失调及相关的急慢性腹泻和消化不良。
4、枯草杆菌二联活菌：用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良等。
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