井伊氏为远江国的名门豪族，以橘花作为家纹，家本源自藤原氏（藤原北家，房前家系），原为三国姓（继体天皇后裔）。平安时代（1032年），藤原共保移居井伊谷，改苗字为「井伊」，即井伊氏第一代当主。南北朝时代（1337年），井伊道政协助宗良亲王（道政之女为宗良亲王正室，尹良亲王之母）作为南朝一方举兵，被北朝方的今川氏（骏河守护）于三方原击败。
战国时代，1505年，第20代当主井伊直平成为曳马城（后来的滨松城）城主。1513年，今川氏发动远江侵攻，大败斯波、井伊、大河内联军，夺取三岳城，井伊氏被迫臣从。但是，由于井伊氏仍拥有井伊谷城6万石，曳马城6万石，共计12万石的领地，势力可与大名相媲美，所以今川氏并不信任井伊氏。
1544年，直平决定由幼孙直亲作为嫡孙直盛之养子成为第23代继承人。但是由于家老小野和泉守心中不服，便向今川氏进谗言诬陷井伊家意欲造反。从那时起，井伊家开始风雨飘摇：1544年，9岁的直亲逃往信浓，11年后才回归；直平的次子直满、三子直义被叫到骏府，以谋反罪秘密处决；为了挽回今川家的信任，嫡子直宗（21代）战死在三河国田原城下，嫡孙直盛（22代）与今川义元一同战死在1560年的桶狭间……
直亲在逃亡信浓期间与亲戚之女奥山氏结婚，1555年二人回归井伊谷城。1560年，直亲继任家督。1561年，直亲长子虎松诞生，井伊家找回了短暂的喜悦。但义元死后爆发「远州错乱」，小野但马进谗言诬陷直亲与松平元康（即后来的德川家康）勾结谋反，于是今川氏真令朝比奈泰朝处死直亲，并追杀其幼子虎松。井伊一族都由此被牵连，幸有直盛之妻的兄长新野亲矩对其援护，才勉强支撑。 1563年，为夺取滨松城领导权，饭尾连龙之妻田鹤夫人毒杀井伊家主直平，至此，井伊家除了婴儿虎松与一位已出家的叔父以外的男性全部死去，几近灭族。为躲避氏真的追杀令，虎松作为井伊家唯一存活之男子，从两岁起便被乳娘和少数亲人守护着，过上了颠沛流离的逃亡生活，频繁地更换藏身之处。
1564年，虎松的养父新野亲矩战死，井伊家失去了最后的靠山。1565年，直盛的女儿、直亲的义妹次郎法师回到井伊家，改名井伊直虎，以直亲正室的身份（二人本有婚约，未婚但有名分）代替其继续担任第23代家督，并认领虎松为义子。 1569年，虎松被送到到三河国的凤来寺，在寺庙中由珠源和尚抚养。后来，生母改嫁今川家臣松下清景，虎松也由此改名为松下虎松，成为了松下家的养子，也因此失去了井伊氏继承人的资格。
随着三河国主德川家康发起的三河独立与远江侵攻，被今川迫害至深的井伊氏倒向德川军门。
1575年，井伊众密议决定将虎松的未来托付给德川家康，于是促成了二人的会面。2月15日，家康在滨松城猎鹰，14岁的虎松前来拜谒他，请求成为德川家臣。虎松虽然年幼，但容貌美丽，言动凛然，家康当即点头应允，从此虎松便成为了家康的近侍。
家康允许虎松恢复旧姓井伊，并以自己的幼名“竹千代”，赐名“万千代”，从此通称井伊万千代。同时家康还处死了谗言陷害井伊氏的小野道好等人，为井伊满门报仇，并让万千代重新成为井伊家的继承人，重获父祖所有的井伊谷城。家康还安排在平定远江错乱中的井伊氏功臣——近藤秀用、铃木重好、菅沼定治三人（井伊谷三人众）尽心辅佐万千代。 1576年，15岁的万千代第一次上战场，跟随家康与武田胜赖作战，在初阵芝原合战中，他迅即立功，得到家康的赞赏。
1581年3月22日，家康出阵高天神城之战，是战万千代被家康任为旗本手先锋，因讨取了隐藏在家康房内的忍者们等战功，立下武名。在高天神城攻略战包围网进行时，万千代又献策切断水源，这个提议立刻被家康所采纳，同时他又派本多忠胜、神原康政等出兵攻打该城，最后德川家在只有轻微伤亡下落城。万千代的献策令家康大为高兴，也使井伊万千代在德川家崭露头角，但却令本多、神原等诸将非常不快。
1582年，武田氏灭亡，东海道一带基本被平定，只有关东的北条氏政未能把握。自高天神城之战后，不仅家康，织田信长也对万千代有不错的评价，故此，信长于同年4月委派万千代为外交役使到小田原城与北条氏政谈判，并得到氏政的中立答允。
6月，本能寺之变爆发，听闻信长去世的消息，家康急忙逃离饭盛山，穿越伊贺之时，万千代又立下功劳，家康之为表示对他的褒美，将一件用孔雀羽毛织成的阵羽织赏赐给他，该阵羽织在新泻县三岛都与板町的历史文化博物馆中保存。
在平定甲斐时，家康与同样对甲斐一带有野心的北条氏政发生冲突，并于若神子与北条势对阵，史称天正壬午之乱。为安定北条，家康特以将其女督姬嫁与北条氏直，并由万千代作为外交役使出使小田原，在婚嫁之余，也为两家加强关系。到达小田原城之后，万千代获北条氏政接见，由于他对当前政局的精确分析，使氏政大为佩服，同时宣布同盟的声明。
这次的外交成功，更令德川家内的各人大为震惊，家康故把骏河阿倍群鹰峰共4万石赐与万千代，既是作为奖励，也是为了保护东面的安全。在骏河时，万千代着力于安定、招揽关东、骏河一带的浪人，以增强德川家。但德川家内三河本家的人也因此对他有所不快。 1582年，义母直虎去世，万千代正式元服，取名为“井伊直政”，继任井伊氏第24任家督。
家康在家中会议中提出要重整武田氏的赤备队，作为德川家的特别部队，并对直政说：「万千代，饭富兵部之赤备队你认识吗？如德川家于甲州重招旧臣为新赤备队，可真令德川家之实力增添不少！」但此话立即令神原康政大为不满：「刚元服之小僧何能令武田旧臣招至我家之下，并加以约束？小平太（康政）愿当此重任，也相信能完成此事，否则会为此悔恨！」正当会议气氛越发紧张时，首席家老酒井忠次斥责康政道：「投降的人应被照顾，不应强之而行！」这才使之平定。
最后家康委任直政及本多正信招揽武田旧臣归附，当时直政经家康同意之下发 出的书信、安堵状及宛行状共超过40封，比本多正信的30封为多，证明家康对直政的外交才华之认可度非常之高。最后，直政的书信，劝服170位武田旧臣（诸将为二代赤备首领山县昌景下属，再之前则下属于一代首领饭富虎昌）加入德川，最后逐渐组成共4000人、令人闻风丧胆的「井伊赤备队」，当时直政只有21岁。
因为对饭富兵部十分敬仰，直政也自称「兵部少辅」。
1583年，直政迎娶家康的养女德川花姬，花姬本姓松平，生父为骏河三枚桥城主松平康亲。 1584年2月27日，丰臣秀吉对直政展开怀柔政策，授予其修理大夫的官职。但是，直政却靠着所率领的赤备队的武勇而一鸣惊人。
3月爆发小牧长久手之战爆发，也是初创的「井伊赤备队」的初阵。4月9日，池田恒兴率兵奇行幸袭德川本阵，总大将丰臣秀次、池田恒兴及森长可率领别动队准备突袭，但却遭到神原康政及德川家康军反奇袭，直政带领赤备队于德川军的左翼，进为先锋攻击池田恒兴，加上森长可被康政军大败战死，故之池田军被家康大军包围，在直政的赤备队的猛攻下，池田队被歼灭，池田恒兴与长子元助被杀，次男池田辉政突围逃出，三好秀次及堀秀政也败走，加上本多忠胜的指挥下，秀吉未能救援，只有被迫撤退。得到重大胜利的家康．信雄联军乘胜追击，向正攻打大野城的泷川一益及九鬼嘉隆进攻，由直政的赤备队作先锋，最后迫使两军撤退。小牧．长久手之战，令新生的井伊赤备队名重一时，也使直政的名声大为提高，虽然本人看上去还是个少年的模样，但当先一骑孤身切入敌阵的勇姿，已得到「赤鬼」、「赤夜叉」的称号，令诸大名闻风丧胆。 1585年，直政成为德川家拥有最多兵士一万人的侍大将，而与之齐名的本多、神原、酒井则各自拥有五千人的部队。8月，家康与同盟北条氏一起进攻北信浓和上野，命鸟居元忠为总大将带领7000人，攻打背叛德川投向上杉氏的真田氏上田城，史称第一次上田合战。但鸟居元忠在上田城之战遭伏兵奇袭而退败，家康震怒之下在9月时命直政带5000人北上前往救援，在小诸城跟鸟居元忠会师稳定军队。
但直政认为元忠败得蹊跷，并没有直接出军。他首先刺探消息，了解到真田氏与上杉联盟已在沼田城联盟，用同样的战略击败了元忠与北条氏直，德川家的盟军北条已被击败擅自退兵，因为真田氏秘密地叫来了援军上杉。直政在分析利弊下认为己方孤军与联军缠斗毫无价值，9月28日直接下令（没有通报家康）大久保忠世守备小诸城，主力军则撤回本阵。结果是：德川军没跟联军发生任何交战。
随即发生石川数正（与酒井忠次并列为首席家老）出奔事件，使德川家实力大受打击，家康于是全面停止北信攻略。事后家康并没有责怪直政擅自撤军，反而十分认同对他回师保存德川实力的判断。并加封他井伊谷城6万石予以嘉奖。
1586年，直政在生母周年忌日造访龙潭寺，被赐予「清凉泰安」的法名。这一年，家康将本城从冈崎转移到骏河，直政也随之入住骏府。 1596年，丰臣与德川停战和谈，秀吉与家康正式交换人质：家康把次男于义丸（即结城秀康）送予秀吉为养子，而秀吉则把其妹朝日姬嫁与家康，另外把母亲大政所送到冈崎城作人质。对于是否如约还是保持与北条氏的盟，家康仍然有些犹豫不决，直政为此向家康分析利害，说服张家康上洛暂时臣从于秀吉，最后家康终于上洛表示臣从，而大政所也正式到达冈崎。
大政所在冈崎遇袭，为直政所救，秀吉得知后，命直政随家康于1586年上洛。秀吉对直政给予母亲的招待及帮助表示感谢，并高度评价了他的武勇与政治。这时秀吉也没忘记拉拢直政，提出赐姓丰臣，直政以「我本姓藤原，不可改姓丰臣」为由拒绝，秀吉于是将自己的随身携带的佩刀解下赠与他。
1588年4月，聚乐第行幸之时，就任侍从，并正式升列为独立大名（丰臣直属大名，同时也是德川家臣）。聚乐第行幸中，秀吉加封德川家以酒井忠次为首的诸位大将的官职，但只有直政被允许升殿面见天皇，并且成为独立大名（本多、神原成为大名是在德川转封关东之时），虽为外样，却也是德川家最高格的重臣。另外在同期加封的侍从中，他人均被赐姓丰臣（如池田辉政、细川忠兴），唯有直政是藤原姓（关于批准他就任尊贵之人才可担当的侍从一职的贵重史料《公家成》仍被保存，其中记载为「井侍从藤原直政」之名)。
丰臣政权对于授予直政居于德川众臣之首的官位一事，给出的理由有：其一，直政实为德川氏一门（女婿）、亲族（与家康正室筑山殿有血缘关系）；其二，直政出身高贵，井伊氏（称藤原氏）与德川氏（称清和源氏）家格对等。家康本人考虑到直政的外交能力，也同意丰臣授予直政最高的地位。
离开京城后，秀吉再次请直政到大阪一聚，同时会见大政所。但在茶室时，直政面见已出奔（背离德川家投奔丰臣家）的石川数正。当秀吉到来时，直政向秀吉说：「背离从先祖开始一直侍奉之主君的胆小人物（数正），直政不愿与他同座。虽是殿下之下属，然而直政为与此人同肩相靠，感到羞辱！」，秀吉听到后，使当场称赞直政为「德川家的好汉」。 1590年4月，秀吉发出全国大名动员令，二十万大军直指小田原城，德川家康也从征，由于本多忠胜率领别动队转攻其他要城，故德川本阵由谁出任先锋，成了大问题，正当所有认为是神原康政时，家康却决定由井伊直政出任先锋，令一众家臣惊讶。当直政被任为先锋时，直政则向家康建议趁机杀死秀吉：「现今秀吉周围之兵不多，是讨取的最佳时机。」但家康不言一语，故直政只好说：「如此，直政一定担当好先锋。」
开战后，直政率兵攻破北条氏的箱根防卫线，并成功突入内阵，秀吉知悉后大喜，并立即颁发感状予直政，由于防线已被突破，小田原立即被包围，但未能立即突入，直政因此向筱曲轮发动夜袭，与守将山角定胜激战，并斩取首级四百，虽然山角死守，但由于小田原城已被直政的赤备队突破，加上北条氏照及松田宪秀的寑返，最终小田原城被攻陷，战后，秀吉称赞直政的功劳，指出此乃「攻入之首功也！」。
此战中，直政所率的部队作为20万军中唯一一支突入小田原城内的部队，井伊赤备从此盛名轰动天下。
1590年，小田原城攻陷后，直政受封上野国箕轮城十二万石，是德川所有家臣中最多的。德川家唯一超过10万石的仅有直政、本多忠胜、神原康政三人而已。直政的箕轮城与康政的上野国馆林城分别为德川对应真田、上杉的对策。 1591年，北奥州的南部家臣九户政实反叛，爆发「九户政实之乱」，秀吉迅即派蒲生氏乡及浅野长政等出兵讨平。直政奉命陪同氏乡一同出兵，事后秀吉对直政的协力表示赞赏。
1598年，直政奉家康之命废止箕轮城，在南边的和田处建设高崎城（现代高崎市的前身）。但直政因为政治事务十分繁忙，很少能回到高崎城去休息。
直政平时奔走于大阪城与名护屋城之间，与「反石田派」的诸将领进行外交博弈，并最终达成双赢。直政与诸将领进行交涉的文书至今仍有很多存世，特别是1598年12月25日开始直政与黑田孝高、黑田长政父子的多次通信，被后世给予了高度的评价，认为其为黑田父子加入亲德川派做出了很大的推动。
秀吉死后，三成与家康的对立日益加深，当家康只带几个兵卫上京时，直政一直随行保护。
1600年，关原合战爆发前夕，在直政的外交攻略之下，京极高次、竹中重门、加藤贞泰、稻叶贞通、关一政、相良赖房、犬童赖兄等人相继应允倒戈加入东军。 1600年9月15日上午8时，由德川家康带领的东军和石田三成组织的西军于关原布阵完成，正式开战。
由于当日大雾，东军先锋福岛正则得到了西军各阵情形的报告，正在原地僵持。直政（身份是军监，本来不是来打仗的）与家康四子松平忠吉共同前进，经过福岛队面前，被正则的侍大将可儿才藏阻住。才藏说道：「今天的先锋是我家主公，战前谁也别想过我面前！」
直政回答：「这位是家康公的四子忠吉殿下。本日是他的初阵，想要去前方探知敌情，在下也只是奉公行事，前来陪同而已。」才藏给忠吉的名字镇住，不得不让开道路。一队人来到阵前，直政忽然下令向宇喜多队开枪射击，抢先于福岛队前挑起战端，使战争正式引爆，史称「关原一番枪事件」。天下之分的大战，竟是由德川家打响了第一枪，担心功劳被抢的正则又惊又怒，不得不奋力开战，连忙下令全军进击。福岛、宇喜多两军终于陷入激战。
由于小早川秀秋在家康的威吓下寑返，使得当时正处于上风的西军，顿时变成逆势。下午一时，西军迅即溃散，石田、小西、宇喜多诸队先后逃逸。直政、忠吉与及本多忠胜乘机追击准备逃避的岛津义弘队。家康为免危险，想下令忠吉回阵，但直政派使者向家康说：「武家之子，以光荣的死于合战为荣，主公不必阻止！」最后家康因此未有坚持。义弘素有“西国第一强将”之称，实力强横，但他要面对忠胜持续狙击、直政迎面拦截，结果是双方均伤亡惨重：义弘之侄岛津丰久与军师长寿院盛淳皆俱战死，直政右肩中枪落马（也有说是伤在左肩/大腿/手腕的），忠吉也被击伤。这一场恶战之后，义弘率领少数残兵成功脱逃。
直政在此战中伤得很重，虽然家臣力劝，但他坚持继续进击，但岛津已突破战场，直政回到本阵参加攻打立花的军议，其间与锅岛胜茂会面，胜茂称直政的军略、气势、容仪让他叹为观止，给予直政极高的评价。 直政不顾关原之战中的重伤，将所有精力投放在战后和平事业及巩固江户幕府稳定的政治事务上。
其中第一件事就是协调西军总大将毛利辉元与家康的讲和。发誓从今全面效忠家康的辉元，在直政的斡旋下，尤其是周防/长门二国之事让他安心，于是对直政表示了强烈的感谢，并书信说希望直政日后也能为自己指明方向。
因为曾在小牧长久手之战中有过交涉，在取乐第行幸同任侍从以上官职，在升殿仪式中也一同列席的缘分，直政与长宗我部元亲的交情也十分深厚，所以对他的儿子也非常关照，在长宗我部盛亲对自己参与西军之事的谢罪仪式中担任仲裁。后来，盛亲因听取家臣谗言杀害兄长而被没收领地的时候，直政还派了部下去土佐援助他。
另外，直政担任了德川氏与岛津氏和平交涉的仲裁（直政在这次交涉的过程中途就去世 了，后来由本多正信接过了他的未竟事业），在他的努力下，义弘保住了性命，直政显示出他出类拔萃的政治觉悟与外交手段。
还有，直政还为真田昌幸与其次子真田幸村的生存而极力求情，这大概是因为他接受了昌幸长子真田信之的恳求，而直政认为信之为人侠义，将来必会对德川誓死效忠的缘故吧。
最后，那个时候，家康召集了自己的6位重臣，问他们关于德川氏继承人决定问题，直政推举的是自己的女婿四公子松平忠吉，但是大家都知道结果家康最终选择了三公子德川秀忠，直政则因功受赏佐和山领地18万石，转封近江国。
一般倾向于认为，两位公子能力相近，但既然选择秀忠，年轻且权重的直政就必须退出德川政治中心，于秀忠派而言威胁过大，所以转封近江。但从另一个角度看，近江是一块战略要地，既可以抑制西国，非常时期还可以保护皇室，果然后来井伊家成为皇家近卫，这也是家康器重直政的表现之一吧。 直政的的新领——近江国佐和山城是西军核心人物石田三成的故居，所以起初他并不十分接受，向家康说自己还是想回上野国高崎城，但家康执意要他接受封赏，只能无奈接受。他曾构思过在附近建筑一座新城，但因为战后他一直忙于和平斡旋事业，曾经设想的彦根城建设计划也被搁置。
1602年，长年奉公导致的过劳（据《井家美谈》记载，直政在1600年的关原合战之前就已积劳成疾，8月8日还曾重病一场，喝了药才上的关原；而在真实书信文件与史料《黑田家书》中，有直政给家臣的书信中「因为病情恶化」的记录。多数日本历史学者认为直政是死于过劳而不是受伤），加之关原合战中重伤未愈，战后也片刻不停地为和平交涉奔波，终于引起了破伤风而病倒。
1602年农历2月1日（3月24日），直政知道自己将死，为不能再回到家乡井伊谷感到非常遗憾，只得遗言在近江修建与井伊谷相同的寺院，并吩咐下属重建在战乱中损毁的佐和山城。 但是，在直政亡故之后，当地的民众传出了“这是三成的亡灵在作祟”的谣言，并且越传越广，最后传到了家康的耳中，于是家康一声令下把以佐和山城为首的有关三成的所有东西全部毁去。后来直政的儿子开始着手建造彦根城，其所在地即后来的彦根藩，到明治时代一直非常繁荣。
直政的遗体被送往流经佐和山城下的芹川中的沙洲，在以嫡子直胜为首的众多家臣的注视中火化。「孤高的赤鬼」直到最终依然是孤身一人从战乱中飞驰而去。他的骨灰一分为二，各自葬在彦根的清凉寺与井伊谷的龙潭寺。
生于战国乱世之中，戎马一生的井伊直政亦随着这个时代的终结而逝去，据说，临终的直政将位列家臣之首的木俣守胜唤到枕边交代后事，说道：「井伊家永远不可以忘却德川殿下的恩情。世世代代的继承人都必须尽心尽力，用无以复加的忠诚来侍奉德川家族」。
1603年，德川家康就任征夷大将军，此后是近三百年的太平盛世。
曾在战国乱世中挣扎求存的井伊氏，从几近灭亡的古老家族到德川麾下的外样大名，至此正式升任为江户幕府的谱代大名，之后有七世当主曾任幕府大老。井伊氏作为江户时代最显赫之政治世家的历史，随着直政的逝去而开始。
