在进行硅胶层析时，首先需选择合适的洗脱剂，确保相邻物质的Rf值差异最大化，以便有效分离。柱子的安装至关重要，应确保其平整且均匀，以保证分离效果。
考虑到柱填料的吸附限制，可采用梯度洗脱方法，如剃度法，以优化分离过程。柱层析分离的实质是吸附与解吸的平衡，不同压力下的柱子，如加压柱、常压柱和减压柱，各有优缺点，选择应根据样品特性和分离需求。
柱子尺寸建议选择粗而长，长柱子增加塔板数，粗柱子则使样品层薄，降低分离难度。选择柱子直径和硅胶量时，应根据样品与杂质的Rf值差异灵活调整，以减少硅胶用量或使用较低极性溶剂。
对于无水无氧柱，适用于对氧和水敏感的样品，需确保柱子饱和或采用Schlenk操作，以防止产品分解。上样时，湿法和干法各有讲究，需根据样品溶解性选择合适方法。选择溶剂时，应考虑成本、纯度和环保性，必要时需对大包装工业品进行重蒸。
在操作过程中，注意装柱时避免润滑剂污染，加样时确保溶剂层充分下降，淋洗剂选择需考虑分离度和爬板效应。收集样品时，根据吸附力调整固定相，确保样品充分流出。最后，处理后的样品需洗涤和可能的重结晶，以去除杂质。
气泡的产生可能影响分离，需注意选择合适的溶剂和操作方法，同时确保柱子内部无空气。这些注意事项对于保证硅胶层析的高效和准确至关重要。
硅胶层析是根据物质在硅胶上的吸附力不同而使物质分离， 一般情况下极性较大的物质易被硅胶吸附，极性较弱的物质不易被硅胶吸附，整个层析过程即是吸附、解吸、再吸附、再解吸过程。硅胶层析主要用于石油产品的精制，脱除芳烃物质或用于中草药有效成分的分离提纯，高纯度物质的制备等。