首先在学术氛围上，北大强调的是自由、民主兼收并蓄，这种氛围下的北大学子习惯独立思考，学术空气活跃、百家争鸣；相比较于北大，清华的氛围更加注重务实，管理比较严格，研究严谨。
正是不同的学术氛围，使两校的学术侧重点也不太一样。北京大学作为最好的综合性大学，文理双收，理论学术氛围非常好。尤其是北大的人文社会科学和理科基础理论在国内独树一帜；清华大学比较注重理工科，重视务实和实践能力，坚持“行胜于言”的校风，因此清华大学的学子在技术应用上才能够拔得头筹。
其次从专业质量上来看，在今年第4轮教育部学科评估中，北大的数学、物理学、化学均为A+，而清华大学只有化学与北大并列A+，数学和物理学只进入A类。而人文学科差距更大，北大的哲学、世界史学科均为A+，中国史进入A类，但清华的哲学、中国史学科为B+，世界史为B-。
再参考知名的世界大学排名网站，如QS，北大数学排名20位，物理与天文学排名18位，化学排名14位，而清华分别是26位，19位，17位。
人文学科方面，北大历史学科世界排名28位，哲学学科世界排名41位，清华分别为73位和171位。
正如以上数据所表现出的，北大其实是一所文理皆优的学校，如果理科生对基础研究更感兴趣，那他更适合北大。而清华是一所工科实力非常强劲的学校，这一点从清华的专业设置、排名中就可以看出来。
总之，两校均是国内顶尖大学，难分伯仲，各有所长，录取成绩随每年各种时势因素高低互现。考生不能以分数高低判断学校教育水平，适合自己的就是最好的！
北大的主要特点是文科强、理科好、医科优。
清华的特点是在工科方面优势明显，同时，清华的法学和经管也非常知名。
如果你在高考填志愿时，想读文科或者是经管，毫无疑问，选择北大可能优势更足。如果在高考的时候，想选择数理化，北大在这方面优势明显。可是，如果你在高考填志愿时，希望填报通信工程、机械工程或者是学建筑学电气化，清华毫无疑问应该成为你的首选。如果你想学医，毫无疑问能选北大就不选清华，虽然清华同样和协和搭上了关系。
其次，从大学国内外排名来看，总体上，清华大学的国内外排名几乎全面高于北大。比如，泰晤士2020年亚洲大学排行榜，清华第1、北大第2。QS2021世界大学排行榜，清华世界第15，北大第二23。USNews世界大学排行榜，清华大学名列第28、北大第51。软科世界大学排行榜，清华名列第29，北大名列第49。
再次，从校园环境来看，清华大学的校园比北大要大，北大校园有点小，当然，北大未名湖比清华荷塘大。校园大，对于体育方面的要求也更高，比如，想要从清华顺利毕业，学会游泳是必须的，还要学会长跑。相比之下，北大对体育方面的要求就低得多。最后，从学习氛围方面来看，清华的学习氛围可能会比北大的学习氛围好。当然不管是清华还是北大的学子，学习的发奋程度都很高，但很显然，清华同学更用功。比如，每年的特奖评选，清华的评选堪称神仙打架。在北大学数学、化学、物理等学科的同学，辛苦指数也比较高，但总体而言，北大同学的生活仍然比较精彩。相比之下，清华同学为了学习，整体上付出更多。而且，在清华北大这样的学校，学习“大牛”随处可见，一不小心就被打击和碾压。