柯南主线剧情：
1 云霄飞车杀人事齤件
【新一在与青梅竹马的毛利兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小。】
2 董事长千金绑架事齤件
【阿笠博士知道新一的真实身份。工藤新一决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学。】
5 新干线爆破事齤件
【组织在列车上出现，柯南差一点向兰表明身份】
52 雾天狗传说杀人事齤件
【漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事齤件片头）】
43 江户川柯南诱拐事齤件
【工藤夫妇得知柯南身份】
48-49 外交官杀人事齤件
【服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复】
57-58 福尔摩斯迷杀人事齤件
【服部平次知道柯南身份，并开始合作。】
128 黑暗组织10亿抢劫事齤件
【灰原哀的姐姐宫野明美被琴酒杀害。】
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事齤件
【宫野志保也变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学】
130-131 竞技场无差别胁迫事齤件
【灰原哀透露组织半个世纪前已经策划某个大计划】
176-178 与黑暗组织的再会
【柯南，灰原哀与GIN狭路相逢，命悬一线；灰原哀为了逃命变回宫野志保；GIN一面击中宫野六枪，另一面却是幻想着······】
170-171 黑暗中的死角
【新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场）
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。】
188-193 危命的复活
【柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及茱蒂老师发现】
226-227 格斗游戏的陷阱
【茱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是茱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕）】
230-231 神秘的乘客
【茱蒂和新出，是谁让灰原感到了组织的气息？公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救~同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助茱蒂监视贝尔摩德】
253-254 本厅刑事恋爱物语4
【新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。】
258-259 来自芝加哥的男子
【柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。同时詹姆士也发现柯南的不一般，称呼柯南Cool GUY.】
269-270 犯罪的纪念品事齤件
【目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。将相关案卷都偷走就是贝尔摩得为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。】
271-272 匆忙之中的忽略
【柯南又一次在茱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；贝尔摩得向GIN说明已经确认雪莉的目标······】
77-278 西部名侦探vs英语老师
【柯南基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝；柯南与服部平次对茱蒂试探未果；但是茱蒂家藏起来的照片却将雪莉也设为了目标······】
286-288 工藤新一纽约事齤件
【毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事，两人初见贝尔摩得并救下她，期间小兰遇到FBI赤井秀一追捕贝尔摩得】
307-308 无声的证据
【小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事齤件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记】
309-311 与黑色组织的接触
【柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被Gin抓到（最后柯南和哀离开时，“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉；板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流）】
329-330 金钱买不到的友情
【阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划】
335-336 东都现象所的秘密
【柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识；】
338-339 四辆保时捷
【贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃齤听器）。】
340-341 厕所里隐藏的秘密
【博士家被窃听，博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友试图了解更多关于哀的父亲的事。柯南找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情······】
343-344 便利店的陷阱
【茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑······】
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事齤件 【引用百科】
【贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南听到了贝尔摩德给Boss/那位先生/组织头目发邮件时的按键音）】
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音
【柯南等人去一钢琴世家，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子。】
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间 【引用百科】
【小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃齤听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在艾迪P暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒】
462-465 黑暗组织的影子
【小兰的新同班同学本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无怜奈出事的小孩被疑似贝尔摩德不明女人询问，并出现了贝尔摩德的口头禅。】
491-504 红与黑的碰撞
【本堂瑛祐四处寻找自己的姐姐本堂瑛海。本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。与此同时，黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲】
507-508 卡拉OK包房的死角
【本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪】
509 红白黄色与侦探团
【水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本（Bourbon)。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？】
511 推理对决！新一VS冲矢昴
【柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。】
542-543 鱼儿消失的一角岩
【灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。】
563-564 侦探团VS强盗团
【脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手齤枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南】
578-581 召唤危机的红色前兆【引用百科】
黑与13的暗示
逼近的黑色时刻
红色的摇摆目标
【疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条（究竟是谁留下的并没明确指出，但茱蒂认为是赤井秀一留下，且伤疤男即是赤井秀一）。此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。】
616-621 福尔摩斯的默示录系列
【工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且也是他第一次向毛利兰正面表白；并且表明工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者】
622-623 紧急事态252
【阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑】
⑥46 幽灵旅馆的推理对决（前篇）【伪651集】
⑥47 幽灵旅馆的推理对决（后篇）【伪652集】
【新人物登场：截拳道实力超群，外表与秀一相似的豪放侦探；貌似识破柯南的真实身份，转入小兰班中，竟是女生！】
⑥48 侦探事务所笼城事件（勃发）【伪653集】
⑥49 侦探事务所笼城事件（狙击）【伪654集】
650 侦探事务所笼城事件（解放） 【伪655集】
【世良与柯南联手化解危机；小哀进入世良的视线；】
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决 【伪656集】
【久违的特别篇，平次与柯南的推理对决，FBI诸人与世良见面觉得似曾相识，唯独詹姆斯看出世良女生身份，关系微妙~】
656博士的视频网站（前篇）【伪661集】
657博士的视频网站（后篇）【伪662集】
【世良发现了冲矢昴，删掉了小哀在博士的网站上的照片，意义不明】
667 婚礼前夕（前篇）【伪674集】
668 婚礼前夕（后篇）【伪675集】
【新人物安室透出场~ 在餐厅兼曱职实力不俗的神秘侦探要拜毛利小五郎为师】
671 侦探们的夜想曲（事件） 【伪679集】
672 侦探们的夜想曲（诱拐） 【伪680集】
673 侦探们的夜想曲（推理） 【伪681集】
674 侦探们的夜想曲（波本） 【伪682集】
【柯南被绑架，世良真纯，冲矢昴和安室透同时上演精彩追踪；灰原哀在对三人的组织反应，回想起秀一的诺言；结尾组织出现，贝姐亮相，波本的真实身份就隐藏在三人之中！】
675 一丁点都不原谅（前篇）【伪684集】
676 一丁点都不原谅（后篇）【伪685集】
【伤疤男又一次亮相~让世良失神的“从来不笑的人”；小哀的回忆，冲矢昴和赤井秀一间又有什么联系？】
681 命悬一线的恋爱转播（转播开始）【伪692集】
682 命悬一线的恋爱转播（走投无路）【伪693集】
683 命悬一线的恋爱转播（现场突入）【伪694集】
警视厅遭遇挑战，高木命悬一线，佐藤能否将他救出？警界前辈口中的“第一名”；安室透和警察之间又有着怎样千丝万缕的联系？】
684 泡沫、蒸汽和烟（前篇）【伪695集】
685 泡沫、蒸汽和烟（后篇）【伪696集】
【冲矢昴与灰原哀的重场戏；小哀对冲矢昴强烈的好奇心；冲矢昴的“私人领地”是否是解开他身份之谜的关键？】
690 工藤优作的未解决事件（前篇） 【伪701集】
691 工藤优作的未解决事件（后篇） 【伪702集】
【推理小说家工藤优作十年前放弃调查的案件······命案现场一个用鲜血印下的“死”字为何让新一父子十年前得出相反的结论？十年后“死”印再现，为了查案在工藤宅“撞破”冲矢昴的世良真纯，却意外发现了“别样”的真相······十年前的真像竟是······一查起案件就不顾一切的柯南，到底还是让冲矢昴用计知晓了真实身份······】
提醒楼主，在每个剧集前面的数字代表官方的集数；
如果我在后面标注了用【】起来的数字代表了日语版的集数；（在627集以后会出现）
我看过全部柯南动画和漫画，剧情提要几乎是我自己归纳的；
楼主还有问题请追问！满意请采纳~
1 云霄飞车杀人事齤件
【新一在与青梅竹马的毛利兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小。】
2 董事长千金绑架事齤件
【阿笠博士知道新一的真实身份。工藤新一决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学。】
5 新干线爆破事齤件
【组织在列车上出现，柯南差一点向兰表明身份】
52 雾天狗传说杀人事齤件
【漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事齤件片头）】
43 江户川柯南诱拐事齤件
【工藤夫妇得知柯南身份】
48-49 外交官杀人事齤件
【服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复】
57-58 福尔摩斯迷杀人事齤件
【服部平次知道柯南身份，并开始合作。】
128 黑暗组织10亿抢劫事齤件
【灰原哀的姐姐宫野明美被琴酒杀害。】
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事齤件
【宫野志保也变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学】
130-131 竞技场无差别胁迫事齤件
【灰原哀透露组织半个世纪前已经策划某个大计划】
176-178 与黑暗组织的再会
【柯南，灰原哀与GIN狭路相逢，命悬一线；灰原哀为了逃命变回宫野志保；GIN一面击中宫野六枪，另一面却是幻想着······】
170-171 黑暗中的死角
【新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场）
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。】
188-193 危命的复活
【柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及茱蒂老师发现】
226-227 格斗游戏的陷阱
【茱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是茱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕）】
230-231 神秘的乘客
【茱蒂和新出，是谁让灰原感到了组织的气息？公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救~同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助茱蒂监视贝尔摩德】
253-254 本厅刑事恋爱物语4
【新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。】
258-259 来自芝加哥的男子
【柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。同时詹姆士也发现柯南的不一般，称呼柯南Cool GUY.】
269-270 犯罪的纪念品事齤件
【目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。将相关案卷都偷走就是贝尔摩得为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。】
271-272 匆忙之中的忽略
【柯南又一次在茱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；贝尔摩得向GIN说明已经确认雪莉的目标······】
77-278 西部名侦探vs英语老师
【柯南基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝；柯南与服部平次对茱蒂试探未果；但是茱蒂家藏起来的照片却将雪莉也设为了目标······】
286-288 工藤新一纽约事齤件
【毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事，两人初见贝尔摩得并救下她，期间小兰遇到FBI赤井秀一追捕贝尔摩得】
307-308 无声的证据
【小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事齤件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记】
309-311 与黑色组织的接触
【柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被Gin抓到（最后柯南和哀离开时，“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉；板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流）】
329-330 金钱买不到的友情
【阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划】
335-336 东都现象所的秘密
【柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识；】
338-339 四辆保时捷
【贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃齤听器）。】
340-341 厕所里隐藏的秘密
【博士家被窃听，博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友试图了解更多关于哀的父亲的事。柯南找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情······】
343-344 便利店的陷阱
【茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑······】
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事齤件 【引用百科】
【贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南听到了贝尔摩德给Boss/那位先生/组织头目发邮件时的按键音）】
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音
【柯南等人去一钢琴世家，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子。】
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间 【引用百科】
【小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃齤听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在艾迪P暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒】
462-465 黑暗组织的影子
【小兰的新同班同学本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无怜奈出事的小孩被疑似贝尔摩德不明女人询问，并出现了贝尔摩德的口头禅。】
491-504 红与黑的碰撞
【本堂瑛祐四处寻找自己的姐姐本堂瑛海。本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。与此同时，黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲】
507-508 卡拉OK包房的死角
【本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪】
509 红白黄色与侦探团
【水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本（Bourbon)。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？】
511 推理对决！新一VS冲矢昴
【柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。】
542-543 鱼儿消失的一角岩
【灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。】
563-564 侦探团VS强盗团
【脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手齤枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南】
578-581 召唤危机的红色前兆【引用百科】
黑与13的暗示
逼近的黑色时刻
红色的摇摆目标
【疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条（究竟是谁留下的并没明确指出，但茱蒂认为是赤井秀一留下，且伤疤男即是赤井秀一）。此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。】
616-621 福尔摩斯的默示录系列
【工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且也是他第一次向毛利兰正面表白；并且表明工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者】
622-623 紧急事态252
【阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑】
⑥46 幽灵旅馆的推理对决（前篇）【伪651集】
⑥47 幽灵旅馆的推理对决（后篇）【伪652集】
【新人物登场：截拳道实力超群，外表与秀一相似的豪放侦探；貌似识破柯南的真实身份，转入小兰班中，竟是女生！】
⑥48 侦探事务所笼城事件（勃发）【伪653集】
⑥49 侦探事务所笼城事件（狙击）【伪654集】
650 侦探事务所笼城事件（解放） 【伪655集】
【世良与柯南联手化解危机；小哀进入世良的视线；】
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决 【伪656集】
【久违的特别篇，平次与柯南的推理对决，FBI诸人与世良见面觉得似曾相识，唯独詹姆斯看出世良女生身份，关系微妙~】
656博士的视频网站（前篇）【伪661集】
657博士的视频网站（后篇）【伪662集】
【世良发现了冲矢昴，删掉了小哀在博士的网站上的照片，意义不明】
667 婚礼前夕（前篇）【伪674集】
668 婚礼前夕（后篇）【伪675集】
【新人物安室透出场~ 在餐厅兼曱职实力不俗的神秘侦探要拜毛利小五郎为师】
671 侦探们的夜想曲（事件） 【伪679集】
672 侦探们的夜想曲（诱拐） 【伪680集】
673 侦探们的夜想曲（推理） 【伪681集】
674 侦探们的夜想曲（波本） 【伪682集】
【柯南被绑架，世良真纯，冲矢昴和安室透同时上演精彩追踪；灰原哀在对三人的组织反应，回想起秀一的诺言；结尾组织出现，贝姐亮相，波本的真实身份就隐藏在三人之中！】
675 一丁点都不原谅（前篇）【伪684集】
676 一丁点都不原谅（后篇）【伪685集】
【伤疤男又一次亮相~让世良失神的“从来不笑的人”；小哀的回忆，冲矢昴和赤井秀一间又有什么联系？】
681 命悬一线的恋爱转播（转播开始）【伪692集】
682 命悬一线的恋爱转播（走投无路）【伪693集】
683 命悬一线的恋爱转播（现场突入）【伪694集】
警视厅遭遇挑战，高木命悬一线，佐藤能否将他救出？警界前辈口中的“第一名”；安室透和警察之间又有着怎样千丝万缕的联系？】
684 泡沫、蒸汽和烟（前篇）【伪695集】
685 泡沫、蒸汽和烟（后篇）【伪696集】
【冲矢昴与灰原哀的重场戏；小哀对冲矢昴强烈的好奇心；冲矢昴的“私人领地”是否是解开他身份之谜的关键？】
690 工藤优作的未解决事件（前篇） 【伪701集】
691 工藤优作的未解决事件（后篇） 【伪702集】
【推理小说家工藤优作十年前放弃调查的案件······命案现场一个用鲜血印下的“死”字为何让新一父子十年前得出相反的结论？十年后“死”印再现，为了查案在工藤宅“撞破”冲矢昴的世良真纯，却意外发现了“别样”的真相······十年前的真像竟是······一查起案件就不顾一切的柯南，到底还是让冲矢昴用计知晓了真实身份······】
提醒楼主，在每个剧集前面的数字代表官方的集数；
如果我在后面标注了用【】起来的数字代表了日语版的集数；（在627集以后会出现）
我看过全部柯南动画和漫画，剧情提要几乎是我自己归纳的；
楼主还有问题请追问！满意请采纳~
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考
第1个回答 2013-03-27
001云霄飞车杀人事件
128黑暗组织10亿抢劫事件
176与黑暗组织的再会（灰原篇）
177与黑暗组织的再会（柯南篇）
178与黑暗组织的再会（解决篇）
288工藤新一纽约事件（解决篇）
309与黑暗组织的再会（交涉篇）
310与黑暗组织的再会（追踪篇）
311与黑暗组织的再会（决死篇）
345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（特别篇）
425黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
462黑暗组织的影子 年幼的目击者
463黑暗组织的影子 奇妙的照明
464黑暗组织的影子 迷样的高额报酬
465黑暗组织的影子 珍珠的流星
491-504 红与黑的碰撞系列
507-508 卡拉OK包房的死角 （本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。）
509红白黄色与侦探团（冲矢昂身上似乎有组织的气息）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一（工藤新一第三次恢复。）
524-525 憎恨的蓝色火花（柯南和冲矢昴配合默契。）
542-543让鱼儿消失的一角岩（灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。）
563-564侦探团VS强盗团（脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手齤枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。（根据漫画，此人为右撇子）赤井秀一很喜欢喝波本酒。）
578召唤危机的红色凶兆（引出下文）
579黑与13的暗示（疑似秀一的伤疤男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580逼近黑色时刻（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功）
581红色飘摇的目标（集体出动，阻击秀一，看了漫画的亲可以想到，这里是一个陷阱）
616-621福尔摩斯的默示录系列 （工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且也是他第一次向毛利兰正面表白；并且表明工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者）
622-623紧急事态252（阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑）
650侦探事务所笼城事件（解放）【世良与柯南联手化解危机；小哀进入世良的视线；】
651柯南VS平次 东西侦探推理对决 【（久违的特别篇，平次与柯南的推理对决，FBI诸人与世良见面觉得似曾相识，唯独詹姆斯看出世良女生身份，关系微妙~）
656-657博士的视频网站（世良发现了冲矢昴，删掉了小哀在博士的网站上的照片，意义不明）
667 -668婚礼前夕 （新人物安室透出场~ 在餐厅兼曱职实力不俗的神秘侦探要拜毛利小五郎为师，漫画后期会提到安室透的真正身份是谁。这里留个悬念。）
671 侦探们的夜想曲（事件）
672 侦探们的夜想曲（诱拐）
673 侦探们的夜想曲（推理）
674 侦探们的夜想曲（波本）
（柯南被绑架，世良真纯，冲矢昴和安室透同时上演精彩追踪；灰原哀在对三人的组织反应，回想起秀一的诺言；结尾组织出现，贝姐亮相，波本的真实身份就隐藏在三人之中！）
675-676一丁点都不原谅（伤疤男又一次亮相~让世良失神的“从来不笑的人”；小哀的回忆，冲矢昴和赤井秀一间又有什么联系？）
681 命悬一线的恋爱转播（转播开始）
682 命悬一线的恋爱转播（走投无路）
683 命悬一线的恋爱转播（现场突入）
（警视厅遭遇挑战，高木命悬一线，佐藤能否将他救出？警界前辈口中的“第一名”；安室透和警察之间又有着怎样千丝万缕的联系？）
684-685泡沫、蒸汽和烟（冲矢昴与灰原哀的重场戏；小哀对冲矢昴强烈的好奇心；冲矢昴的“私人领地”是否是解开他身份之谜的关键？）
后面我就还没看了，个人觉得漫画的进度比较快，所以优先看漫画了。
128黑暗组织10亿抢劫事件
176与黑暗组织的再会（灰原篇）
177与黑暗组织的再会（柯南篇）
178与黑暗组织的再会（解决篇）
288工藤新一纽约事件（解决篇）
309与黑暗组织的再会（交涉篇）
310与黑暗组织的再会（追踪篇）
311与黑暗组织的再会（决死篇）
345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（特别篇）
425黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
462黑暗组织的影子 年幼的目击者
463黑暗组织的影子 奇妙的照明
464黑暗组织的影子 迷样的高额报酬
465黑暗组织的影子 珍珠的流星
491-504 红与黑的碰撞系列
507-508 卡拉OK包房的死角 （本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。）
509红白黄色与侦探团（冲矢昂身上似乎有组织的气息）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一（工藤新一第三次恢复。）
524-525 憎恨的蓝色火花（柯南和冲矢昴配合默契。）
542-543让鱼儿消失的一角岩（灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。）
563-564侦探团VS强盗团（脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手齤枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。（根据漫画，此人为右撇子）赤井秀一很喜欢喝波本酒。）
578召唤危机的红色凶兆（引出下文）
579黑与13的暗示（疑似秀一的伤疤男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580逼近黑色时刻（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功）
581红色飘摇的目标（集体出动，阻击秀一，看了漫画的亲可以想到，这里是一个陷阱）
616-621福尔摩斯的默示录系列 （工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且也是他第一次向毛利兰正面表白；并且表明工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者）
622-623紧急事态252（阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑）
650侦探事务所笼城事件（解放）【世良与柯南联手化解危机；小哀进入世良的视线；】
651柯南VS平次 东西侦探推理对决 【（久违的特别篇，平次与柯南的推理对决，FBI诸人与世良见面觉得似曾相识，唯独詹姆斯看出世良女生身份，关系微妙~）
656-657博士的视频网站（世良发现了冲矢昴，删掉了小哀在博士的网站上的照片，意义不明）
667 -668婚礼前夕 （新人物安室透出场~ 在餐厅兼曱职实力不俗的神秘侦探要拜毛利小五郎为师，漫画后期会提到安室透的真正身份是谁。这里留个悬念。）
671 侦探们的夜想曲（事件）
672 侦探们的夜想曲（诱拐）
673 侦探们的夜想曲（推理）
674 侦探们的夜想曲（波本）
（柯南被绑架，世良真纯，冲矢昴和安室透同时上演精彩追踪；灰原哀在对三人的组织反应，回想起秀一的诺言；结尾组织出现，贝姐亮相，波本的真实身份就隐藏在三人之中！）
675-676一丁点都不原谅（伤疤男又一次亮相~让世良失神的“从来不笑的人”；小哀的回忆，冲矢昴和赤井秀一间又有什么联系？）
681 命悬一线的恋爱转播（转播开始）
682 命悬一线的恋爱转播（走投无路）
683 命悬一线的恋爱转播（现场突入）
（警视厅遭遇挑战，高木命悬一线，佐藤能否将他救出？警界前辈口中的“第一名”；安室透和警察之间又有着怎样千丝万缕的联系？）
684-685泡沫、蒸汽和烟（冲矢昴与灰原哀的重场戏；小哀对冲矢昴强烈的好奇心；冲矢昴的“私人领地”是否是解开他身份之谜的关键？）
后面我就还没看了，个人觉得漫画的进度比较快，所以优先看漫画了。
第2个回答 2013-03-27
1、13、54、128、129、176~178、188~193、309~311、338~346（这是连续剧情，没办法。）、425、491~504。你要的只是黑衣组织就只有这些，但要与主线剧情有关的就不止了。
第3个回答 2013-03-28
1,2,5,43,48,49,57,58,太多了
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