和黑衣组织有关的
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001 云霄飞车杀人事件 013 奇怪的寻亲杀人事件 054 电玩公司杀人事件 118 浪花连续杀人事件 128 黑暗组织10亿元抢劫事件 129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 176 与黑暗组织的再会（灰原篇） 177 与黑暗组织的再会（柯南篇） 178 与黑暗组织的再会（解决篇） 230 迷一样的乘客（前篇） 231 迷一样的乘客（后篇） 272 急忙掩饰的忽略(后篇) 286 工藤新一纽约事件（事件篇） 287 工藤新一纽约事件（推理篇） 288 工藤新一纽约事件（解决篇） 289 光彦森林迷失记（前篇）（邵渊己一郎出场） 290 光彦森林迷失记（后篇） 307 没有声音的证词（前篇） 308 没有声音的证词（后篇） 309 与黑暗组织接触（交涉篇） 310 与黑暗组织接触（追击篇） 311 与黑暗组织接触（决死篇） 338 四辆保时捷（上） 339 四辆保时捷（下） 340 厕所隐藏的秘密（前篇） 341 厕所隐藏的秘密（后篇） 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案 385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 前奏曲 387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲 425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间 427 充满神秘的上学之路（前篇） 428 充满神秘的上学之路（后篇） 462 黑衣组织的影子 年幼的目击者 463 黑衣组织的影子 奇妙的照明 464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬 465 黑衣组织的影子 珍珠的流星 484黑色照片的行踪（前篇） 485黑色照片的行踪（后篇） 491 红与黑的碰撞 开端 492 红与黑的碰撞 血缘 493 红与黑的碰撞 绝叫 494 红与黑的碰撞 冥土 495 红与黑的碰撞 昏睡 496 红与黑的碰撞 侵入 497 红与黑的碰撞 觉醒 498 红与黑的碰撞 搅乱 499 红与黑的碰撞 伪装 500 红与黑的碰撞 遗言 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 509 红白黄色与侦探团 510 柯南VS W暗号之谜 511 推理对决！新一VS冲矢昴 542 让鱼儿消失的一角岩(前篇) 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇) 563 侦探团VS强盗团(骚乱) 564 侦探团VS强盗团(沉默) 578 召唤危机的红色凶兆 579 黑与13的暗示 580 逼近黑色时刻 581 红色飘摇的目标
漫画
01/01 001 现代的福尔摩斯 01/02 002 变成小孩子的名侦探 02/04 014 行踪不明的男子 02/05 015 可怜的少女 02/06 016 追踪高大的男人 02/07 017 恶魔一样的主谋 12/04 114 突如其来的遭遇 12/05 115 炸弹的下落 12/06 116 柯南失算了 18/06 176 转学生 18/07 177 黑衣女郎 18/08 178 秘密组织成员·代号雪莉 18/09 179 伪装的少女 18/10 180 将死 19/01 181 为什么？ 19/09 189 被狙击的球！ 19/10 190 5万6千名人质 20/01 191 远方之眼 24/07 238 背叛的街角 24/08 239 漆黑的丧葬行列 24/09 240 不告而别 24/10 241 来自过去的子弹 24/11 242 白色世界 29/03 287 看不见的恐怖 29/04 288 危险讯号 29/05 289 光天化日下的埋 34/11 350 金苹果（1） 35/01 351 金苹果（2） 35/02 352 金苹果（3） 35/03 353 金苹果（4） 35/04 354 金苹果（5） 37/05 377 黑暗的足迹（1） 37/06 378 黑暗的足迹（2） 37/07 379 黑暗的足迹（3） 37/08 380 白雪…黑影… 37/09 381 危险的相遇 37/10 382 顺风车 38/01 383 新兵器！ 41/10 423 到访者留下的谜 41/11 424 小小密室的秘密 42/01 425 隐藏的真相 42/05 429 月圆之夜和黑宴 42/06 430 染血的幽灵船 42/07 431 隐形人出现 42/08 432 工藤新一登场 42/09 433 面具下的真相 42/10 434 腐坏的苹果 48/09 499 门铃怪客 48/10 500 新的黑衣组织成员 49/01 501 追踪目标！ 49/02 502 新的指令！ 49/03 503 黑衣组织vsFBI 49/04 504 黑衣组织vsFBI 53/07 550 目击者一人 53/08 551 钉子与蛇 53/09 552 锤子的真面目 53/10 553 不可思议的兼职 54/01 554 晚餐的菜单 54/02 555 梦中之星 FILE.595 乌鸦之歌 FILE.596 第二条线 FILE.597 假患者 VOL.58 FILE.598 跟踪，然后…… FILE.599 赤井的过去 FILE.600 孤注一掷 FILE.601 伪装 FILE.602 最终手段 FILE.603 任务 FILE.604 姐弟 FILE.605 意外的嫌疑人 FILE.606 13日又是星期五 FILE.607 卡迈尔的过去 FILE.608 魔法的咒语 VOL.59 FILE.609 钢楔 File.622 红白黄色 File.623 黑白人 File.624 新邻居 File.635 燃烧 File.637 噼里啪啦 File.638 纸飞机 File.639 信息 File.640 解救 File.664 一角岩 File.665 鲭鱼?鲤鱼?鲷鱼?鲆鱼 File.666 杀气 File.680 与危险的二人同行 File.691 柯南VS侦探团 File.700 危险地带 File.701 赤与13的暗示 File.702 炸弹犯的目的 File.703 暴风雪中的真相 File.704 寂静的战争
电影
2001 剧场版5：通往天国的倒计时（天国へのカウントダウン）2001/04/11 2009 剧场版13：漆黑的追迹者（漆黒の追迹者） 2009/04/18
真人版
2.工藤新一的复活 黑暗组织的对决
参考资料：http://baike.baidu.com/view/757190?wtp=tt