被满清的多尔衮。
顺治元年（1644年）四月二十一日，李自成与山海关总兵吴三桂进行一片石战役。战至四月二十二日，吴军渐渐顶不住了
吴三桂不得已投降了清朝的摄政王多尔衮，两人联手打败了李自成，李自成的主将刘宗敏受伤，急令撤退。四月二十六日，李自成逃回北京城，只剩下了三万多人，四月二十九日，李自成在北京称帝，并且怒杀了吴三桂家大小34口，第二天逃往西安。
顺治二年（1645年）三月，李自成的部队逼走南明将领左良玉，占领了武昌城，李自成计划乘舟东下，夺取东南作为抗清基地。
但大顺军尚未准备充分，清军分水陆两路突然袭来，李自成仓促弃武昌向东南进发。顺治二年（1645年）5月17日，在湖北通城县九宫山遭村民误杀。
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明崇祯十七年（1644年）三月，声威日壮的李自成率领的农民起义军攻克北京城，崇祯帝自缢于煤山，统治中国276年的明王朝宣告覆灭。
四月初四日，吴三桂刚刚叛归山海关，并向清朝请兵援助。内院大学士范文程上书多尔衮，认为“如秦失其鹿，楚汉逐之，是我非与明朝争，实与流寇争也”。主张立即出兵进取中原。
他提出，“战必胜，攻必取，贼不如我；顺民心，招百姓，我不如贼”，因此要一改以往的屠戮抢掠政策，“严禁军卒，秋毫无犯” 。
即不仅在战略上改变得城不守之策，要入主中原，在战术上也要招揽民心。多尔衮接受了范文程的建议，答应了吴三桂请兵的要求。 并在得到北京为农民军攻破的确切情报之后，“急聚兵马而行”，与农民军争夺天下。
李自成于四月十三日亲率部队往山海关讨伐吴三桂，但仍带有招降他的侥幸心理，行军速度亦颇迟缓，十九日前后才兵临关城之下。
在此期间，吴三桂已派出使者向清军求援，使者于十五日便见到了多尔衮，向他递交了吴三桂的信函，表示如清军支援，则“将裂土以酬”。
多尔衮知道这是一个千载难逢的机会，但他非常谨慎，一方面召集大臣谋士们商议，一方面派人回盛京调兵，再一方面故意延缓进军速度，逼迫吴三桂以降清的条件就范。
由于事态紧急，吴三桂只得答应多尔衮的要求，请清军尽快入关，因为二十一日清军还距关十里，而关内炮声隆隆，喊杀阵阵，农民军已经开始攻城了。
四月二十二日，李吴双方在山海关大战。 多尔衮非常了解吴三桂的窘境，因此长时间地作壁上观，在李自成即将攻下东西罗城和北翼城，吴三桂几次派人又亲自杀出重围向他求救的情况下，估计双方实力已大损，这才发兵进入山海关。
在与农民军的决战中，他又使吴军首先上阵，在双方精疲力竭之际再令八旗军冲击，结果农民军战败，迅速退回北京。
参考资料来源：百度百科——李自成
自缢说
自缢者自尽也，自己上吊而死。其根据是清军统帅阿济格向朝廷的奏报，奏报中说：“……自成窜走时，携随身步卒仅二十人，为村民所困，不得脱，遂自缢死。”但是后人认为，李自成久经沙场，果敢坚强，绝无自杀之可能。而且阿济格的说法，并非亲眼所见，故真实性甚低。
战死说
《通山县志》中的记载为：“九伯聚众杀贼首于小源口”；而《程氏宗谱》却是这样记载的：“剿闯贼李延于牛迹岭下”；没有一个地方明确指出，程九伯的确杀死了李自成，而只是说杀死了李延。那么李延又究竟是谁？李延和李自成又可能是什么关系？他们会不会是同一个人呢？
然而，在查阅了《米脂县志》《延安府志》等李自成家乡的史料后，发现记载李自成乳名和名字说法很多，却唯独没有延字。
误死说
误死即误伤致死。清初吴伟业《绥寇纪略》中说：李自成率二十骑到九宫山，他让将士留在山下，自己上山拜谒元帝庙。当地村民“疑以为劫盗”，在李自成跪拜元帝像时，被村民在身后用荷锸击伤头部，李自成当即昏倒“不能起”。这时村民一拥而上，“碎其首”而亡。村民搜其钱物时，发现“金印”，方知道杀错了人，“大骇，从山后逃去”。
搏斗死说
康熙年间费密撰写的《荒书》中说：“李自成率十八骑，由通山过九宫山岭”时，山民“闻有贼至，群登山击石，将十八骑打败。”李自成一人和山民程九伯赤手搏斗，程九伯不是对手，被李自成摔倒在地，并骑在程九伯身上，“抽刀欲杀之”。但刀被血渍又渗人泥浆；一时没拔出。正在这时，程九伯外甥金某，从背后以铲猛击李自成头部，即刻而亡。
夹山寺禅隐说
观点：1981年，湖南石门夹山寺发现一座古墓，考古人员发现墓主人奉天玉和尚违背僧规，按俗礼下葬，而葬俗又与本地葬俗不同，最后通过种种物证认为奉天玉和尚很可能便是李自成。
但疑点十分明显：在奉天玉夹山出家的历史中，奉天玉和尚与当地官员交往密切，而李自成“陕北口音，四十岁多一点，一只眼睛瞎了”的相貌特征相当明显，很容易暴露身份，这显然与他的身份有些不符。
青城归隐说
李自成亲族提出的观点
在青城镇苇茨湾村李文生家发现了一本抄修于康熙三年(1664年)的《李氏家谱》。经过考察研究，得出全新结论，李自成兵败后，化装为和尚投靠其在榆中青城的叔父李斌，晚年的李自成就生活在附近的深山大沟里，并葬于龙头堡子山下
1、起义军领袖的小农意识不足以担当大任。李自成对部属的控制、对局面的掌控不力，部属杀人、抢钱恶性不断，如进北京后，刘宗敏占都督田弘遇府第、李过占都督袁佑府第、谷可成占万驸马府、田见秀据曹驸马府、李岩占嘉定伯府等等。
2、八旗兵和吴三桂以及后明政权联合夹击造成。如一片石战役，吴三桂与多尔衮两军联手击溃李自成，后败离北京，渡黄河败回西安，不久，弃西安，经蓝田，商州，走武关。变得更加颓废。
3、失去人心。南明朝廷的建立和大顺军的节节败退，很多投降大顺的原明朝将领复投南明或清朝，李自成于是疑心日盛，终于妄杀李岩等人，致使人心离散。本回答被网友采纳