两个都是由中央直接委派下到地方的京官，本来都是临时职务，后来在明末由于农民起义较多，变成了固定在某一地的官员。
总督和巡抚开始出现于明朝，为明朝所设的地方高级官员，后清朝沿用。
最初先有巡抚，全称为“巡抚某地等处地方提督军务兼理粮饷”，其意义为“巡视安抚”，这类官员的主要职责是协调省内三司——
按察司、布政司、
都指挥使司（即司法、民政财政和军事）的职能，实际上并无此官名，而是将职责委任于在
中央政府任正式官职的官员身上，早期一般为中央临时任命的特派官员，担任巡抚的官员的品级都比较高一般为各部侍郎，事罢则还朝。后期由于诸多实际问题的出现由临时变为固定特派员。
明朝确定巡抚制度后，明朝出现了较大规模的叛乱和农民起义，动不动就蔓延好几个省份，为了方便平叛，协调各省间巡抚的关系，明朝政府又下派了更高级别的中央特派员一般为各部尚书担任，该职位称为总督，全称为“总督某地等处地方提督军务粮饷兼巡抚事”，主要负责军务，管理巡抚。总督一般负责两省或一个大省的事务，可以对巡抚发令。由于这两个职位的权力很大，对皇权的威胁较大，所以，明朝政府从未想将两个职位固定化。