员工交了辞职申请，但没办理离职手续，可以作自动离职处理。自动离职是指员工擅自离职而强行与用人单位解除劳动关系的一种行为。员工可能要承担赔偿责任。
1、《劳动法》第三十一条规定：“劳动者解除劳动合同，应当提前三十日以书面形式通知用人单位。”员工应在解除劳动合同前三十日告知单位并做好交接工作。
2、《工资支付暂行规定》第十六条规定：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付
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辞职不办离职手续的后果：
1、在公司未领的工资极大的可能不能再领。
2、如果公司给你上了三险一金，那公司也会把你的保险扣下来。如果你的档案在该公司，那也会被扣下。你如果想要在同一个城市中找工作，那你的新公司就没法给你上保险。
3、有些比较正规的公司，要你以前公司的离职证明才能入职，这个证明你是肯定没的的了，不过大部分公司还是没有这道手续的。
4、失业金的问题：如果是你辞职，就没有失业金;如果是公司辞你，就有失业金。
差别就在于你工作的公司是什么性质，以及领导的性格了。如果在档案里填了这么一条“由于你无故旷工，并且不接受处罚，公司辞退了你”，那么以后会很受影响。
5、不办离职手续，不能让单位完成相应的工作交接、有序进行工作任务的相应调整，可能会给单位造成相应的损失。