关于国家元首应对发动侵略负刑事责任问题，第一次世界大战后对德皇威廉二世的处理已有先例。《欧洲国际军事法庭宪章》也明确表示：“被告之官职及地位，无论系国家元首或政府各部门负责官吏，均不得为免除责任获减轻刑罚之理由。”
但是，美国为了在日本能有效地进行管理，避免美国人在日本岛内受到攻击，于是在《远东国际军事法庭宪章》中回避了国家元首的责任问题。宪章中只说：“被告无论何时期内之官职及地位”，均不能免除罪责，有意删除了“国家元首”字样。
在1945年12月6日，远东国际军事法庭美国小组一行16人离美赴东京之前，凯南对美国报界表示，他认为裕仁天皇显然应该受到审判。登上飞机后，凯南收到杜鲁门总统的一封信，信中指示凯南不得对裕仁和任何皇室成员起诉。总统采纳了驻日盟军最高统帅麦克阿瑟的意见而作此决定。麦克阿瑟认为，从美国的利益和占领日本的政治需要出发，不得以战争罪起诉天皇。
东京法庭首席法官韦伯曾向报界发表个人意见：“天皇在开战问题上起了巨大作用，但他却被免于起诉……毫无疑问，免除对天皇的审判是基于同盟国所有成员国的利益而作出的决定。”法国出席远东国际法庭审判的代表亨利·贝尔纳说：“不可否认，（战争）宣言的一个主要祸首逃避了一切诉讼，不管怎么说，出席的被告只能被视为同谋犯。”