17世纪中叶起，沙俄就不断地派武装人员侵入我国黑龙江流域，引起满清政府的严重关注。1657年，俄国人在尼布楚河与石勒喀河合流处建立了雅克萨城与尼布楚城。此后中俄之间在外交、军事冲突不断。
1685至 1686年，康熙皇帝平定“三藩之乱”之后，曾两次派兵围攻俄方武装人员盘踞的雅克萨城。第一次，在清军强大火力的打击下，沙俄侵略者在损失一百多号人后，被迫投降答应撤退。但是，等清军一离开，他们又偷偷窜进雅克萨重新筑城，构建防御工事。
清军再次围攻雅克萨城。经过一年的战斗和围困，沙俄入侵武装分子头目托尔布津被击毙，俄方伤亡惨重，雅克萨城指日可下。
在清军即将在全歼守军，收复雅克萨城之际，沙皇政府派文纽科夫和法沃罗夫为信使到北京求和，表现愿意接受之前清政府多次提出的“希望通过谈判解决争端”的方案。清政府为了表示谈判诚意，主动停战并单方面撤军。
1687年9月，俄方对华谈判使团全权大使戈洛文到达乌的柏兴（乌丁斯克，俄乌兰乌德）。清政府在商讨与沙俄谈判方针时，议政大臣索额图提出：“尼布楚、雅克萨、黑龙江上下，及通此江一河一溪皆属我地，不可弃之于鄂罗斯” 认为：如果沙俄能归还逃人，承认尼布楚、雅克萨、黑龙江是清朝领土，即“与之画疆分界，贸易往来。否则，臣当即还，不与彼议和矣”。 得到康熙皇帝的认可，遂命索额图、佟国纲为清政府谈判代表，前往色冷格，与沙俄使臣戈洛文谈判。
当索额图一行进入漠北时，正值漠西准噶尔首领噶尔丹大举侵犯喀尔喀蒙古诸部，喀尔喀诸汗正合力抗击。突如其来的变故，让使团不得不中途撤回，待请示皇帝后再行定夺。
噶尔丹大举进攻喀尔喀蒙古游牧地区，使此前与清政府保持臣附与友好关系的喀尔喀蒙古各部，特别是抗俄最坚决的土谢图汗遭到毁灭性打击，致使喀尔喀蒙古诸部纷纷举部内迁，“溃卒布满山谷，行五昼夜不绝”。
噶尔丹这一搅和，产生了极严重的后果。噶尔丹占领漠北后，让康熙感到不安，判断噶尔丹已与俄方勾结，对清王朝构成了威胁。因此不得不对原先划界目标做出重大调整，指示索额图：“今以尼布潮(楚)为界,则鄂罗斯遣使贸易,无栖托之所,势难相通。尔等初议时,仍当以尼布潮为界,彼使者若恳求尼布潮,可即以额尔古纳为界。”希望以此换取和平,从而集中力量对付噶尔丹。
1689年，经中俄两国代表重新商定，谈判地点改在尼布楚。谈判一开始，尼布楚地区的归属问题就成了双方谈判的焦点。清方代表一开始即指出“贝加尔海这边的全部土地，则完全属于中国汗所有，因为贝加尔海这边的土地全是蒙古汗的领地”，“而所有的蒙古人自古以来就是中国汗的臣民”。
戈洛文则强调不久前俄国人才知悉并予以侵占的这个地区“自古以来即为沙皇陛下所领有”。索额图予以驳斥，要求俄国人退到色楞格河以西去。但俄方坚持其要求。
1689年9月7日，中俄双方经过反复谈判，在中方作出了很大让步的情况下，正式签字达成了《中俄尼布楚条约》。
按照清王朝历代皇帝钦定的说法，《尼布楚条约》是清王朝同外国正式签订的第一个边界条约，而且是还是中国历史上少有的“平等条约”，为清王朝赢得了长达170年的边境安宁。
然而事实上，《中俄尼布楚条约》本身就是在不平等的情况下签订的，因为在此之前中俄双方发生过多次激战，并以中方大获全胜而告终。在当时的情况下，清军应该是一鼓作气地同沙俄侵略武装打下去，直到把沙俄侵略者赶回老家去才是，干嘛非要去签订这个充满历史疑点的《中俄尼布楚条约》呢？
人们用心阅读一下《尼布楚条约》的历史文本就会发现，该条约不仅让清王朝主动放弃了从额尔古纳河到贝加尔湖的中华领土，而且帮助沙俄政府确立了对西伯利亚的合法占领。西伯利亚及其以南、以东本来都是蒙元时期的中国领土，满人跟蒙古人结盟定鼎中原，所以那些地区在清朝时期虽然未经治理，但依然属于中国。《尼布楚条约》之前的中国曾经是世界上领土面积最中广阔的国家，之后这一地位就无偿地赠送给了俄国。
在《尼布楚条约》签订之前，大清王朝的实力远强于沙皇俄国，当时的满清完全可以趁沙俄无力东顾之际稳固势力，不仅不用通过割让土地换取和平，还能开疆拓土重新控制西伯利亚。十分可惜的是，当时的大清王朝执政者目光短浅，一味地专注于内部事务，对外面的世界所知有限，对沙俄以及整个西方更是缺乏了解。所以，当西北的葛尔丹挑起内乱之时，沙俄的小股土匪纵横东北时就让康熙忧心如焚，他担心沙俄会举国来犯，从而让他解决西北战乱前功尽弃。
《尼布楚条约》真的换回了大清王朝北部地区170年的和平安宁吗？显然没有。《尼布楚条约》划定了中俄东段边界，中段边界没有商定，沙俄利用这个机会，不断蚕食中国领土。就在康熙死后的第五年，雍正皇帝就与沙俄签订了《布边斯奇条约》和《恰克图条约》，从而彻底放弃了贝加尔湖以南的广大领土。
《恰克图条约》之后，中俄虽然很长时间再无大的战事，但并非就表示当时的沙俄想跟中国友好相处，而是它实力有限且被西方诸强牵制。在《尼布楚条约》之前，沙俄仅有小股土匪入侵中国，其余的大部分军队都留在西边跟西方列强对耗。同中国相比，欧洲诸国才是俄罗斯的强敌，它的主要兵力注定只能放在西方而根本无力东顾，这才是此后的170年沙俄未能大举进犯我边境的原因所在。
令人不可思议的是，中方做了无原则退让而签订的《尼布楚条约》，俄国人竟称之为不平等条约，感觉吃了亏大，认为是清朝侵略他们，是奇耻大辱！声称俄罗斯在《瑷珲条约》中收复了在《尼布楚条约》中被中国人强占的失地。
早在1740年，俄罗斯科学院院士米勒评价《尼布楚条约》条约：“由于戈洛文的畏惧，迫不得已几乎完全按照中国方面提出的条件来进行谈判的”，“这个条约使俄国人不仅丧失一大块领土，也丧失了阿穆尔河的航行权”。
19世纪后期，俄国历史学家、俄国科学院院士瓦西里耶夫，更是宣称“整个条约都是在丧魂落魄的恐惧感和暴力的影响下签订的”，“一切都给力中国，不曾给俄国一点好处。”
著名的汉学家，历史学家米亚斯尼科夫甚至提出了一种奇葩的论调，他认为“清帝国的北部边界是阿穆尔河以南几百公里的柳条边”，他还将雅克萨之战说成是清军侵犯俄国，从而强迫俄国签订的《尼布楚条约》。
美国历史学家斯塔夫里阿诺斯在他的《全球通史》中说，“《尼布楚条约》是中国与欧洲一大国签订的第一份条约……俄罗斯人不得不完全地从有争议的流域地区撤走。作为回报，俄罗斯人被授予商业特权；两国臣民可以自由地越过边界、不受干涉地从事卖买。以后年代中发展起来的贸易是由商队从事的，它包括了黄金和羊皮；俄罗斯人用黄金和毛皮交换茶叶。正是从中国人那里，俄罗斯人获得了日后成为其民族饮料的东西。俄罗斯人很快就成为甚至比英国人更爱喝茶的人。”，“以后170年中，俄罗斯人一直遵守条约规定，停留在阿穆尔河流域以外的地区。”