卫生局或者疾病防控中心。
因为只有卫生局或者疾病防控中心才有权办理健康证。县级以上地方人民政府依照《食品安全法》和国务院的规定，确定本级食品药品监督管理、卫生行政部门和其他有关部门的职责。有关部门在各自职责范围内负责本行政区域的食品安全监督管理工作。县级人民政府食品药品监督管理部门可以在乡镇或者特定区域设立派出机构。
食品健康证是健康检查证明，证明你某年某月进行了健康检查。食品健康证应该要去你所在地的疾病预防控制中心办理。
它主要涉及五个行业六种疾病，在很大程度上保护了从业人员和服务对象的健康根据《食品卫生法》、《公共场所卫生管理条例》等法规，从事食品生产经营，公共场所服务，化妆品、一次性医疗卫生用品等专业生产，有毒、有害、放射性作业，幼托机构保育这五大行业的相关人员必须拥有健康证。健康检查主要涉及的疾病为：病毒性肝炎、痢疾、伤寒、活动期肺结核、皮肤病和其他有碍健康的疾病。如果查出患有这些疾病，则不得从事直接接触入口食品、理发美容、公共浴室等直接为顾客服务的工作，需治愈后方可工作。
根据《食品安全法》、《公共场所卫生管理条例》等法规，从事食品生产经营，公共场所服务，化妆品、一次性医疗卫生用品等专业生产，有毒、有害、放射性作业，幼托机构保育这五大行业的相关人员必须拥有健康证。
健康检查主要涉及的疾病为：痢疾、伤寒、活动期肺结核、皮肤病（传染性）和其他有传染性的疾病。如果查出患有这些疾病，则不得从事理发美容、直接接触入口食品、公共浴室等直接为顾客服务的工作，需治愈后方可工作。
健康证检查项目为常规内外科体格检查；肝功能一项（ALT）；大便培养（痢疾、伤寒杆菌），胸部透视。
办理食品健康证前先进行健康查体流程：
1、带身份证和个人免冠一寸彩色照片2张，到收费处缴纳体检费，领取体检表，粘贴照片(另一张领健康证用)、填写好姓名、性别等基本情况。
2、检验室采血、大便肛拭化验。
3、内、外科常规体检。
4、x光胸透。
5、完成全部体检项目。
法律依据
《中华人民共和国食品安全法》
第四十五条 食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度。患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员，不得从事接触直接入口食品的工作。
从事接触直接入口食品工作的食品生产经营人员应当每年进行健康检查，取得健康证明后方可上岗工作。
第一百二十六条 违反本法规定，有下列情形之一的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处五千元以上五万元以下罚款；情节严重的，责令停产停业，直至吊销许可证：
（一）食品、食品添加剂生产者未按规定对采购的食品原料和生产的食品、食品添加剂进行检验；
（二）食品生产经营企业未按规定建立食品安全管理制度，或者未按规定配备或者培训、考核食品安全管理人员；
（三）食品、食品添加剂生产经营者进货时未查验许可证和相关证明文件，或者未按规定建立并遵守进货查验记录、出厂检验记录和销售记录制度；
（四）食品生产经营企业未制定食品安全事故处置方案；
（五）餐具、饮具和盛放直接入口食品的容器，使用前未经洗净、消毒或者清洗消毒不合格，或者餐饮服务设施、设备未按规定定期维护、清洗、校验；
（六）食品生产经营者安排未取得健康证明或者患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员从事接触直接入口食品的工作；
（七）食品经营者未按规定要求销售食品；
（八）保健食品生产企业未按规定向食品安全监督管理部门备案，或者未按备案的产品配方、生产工艺等技术要求组织生产；
（九）婴幼儿配方食品生产企业未将食品原料、食品添加剂、产品配方、标签等向食品安全监督管理部门备案；
（十）特殊食品生产企业未按规定建立生产质量管理体系并有效运行，或者未定期提交自查报告；
（十一）食品生产经营者未定期对食品安全状况进行检查评价，或者生产经营条件发生变化，未按规定处理；
（十二）学校、托幼机构、养老机构、建筑工地等集中用餐单位未按规定履行食品安全管理责任；
（十三）食品生产企业、餐饮服务提供者未按规定制定、实施生产经营过程控制要求。
餐具、饮具集中消毒服务单位违反本法规定用水，使用洗涤剂、消毒剂，或者出厂的餐具、饮具未按规定检验合格并随附消毒合格证明，或者未按规定在独立包装上标注相关内容的，由县级以上人民政府卫生行政部门依照前款规定给予处罚。
食品相关产品生产者未按规定对生产的食品相关产品进行检验的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门依照第一款规定给予处罚。
食用农产品销售者违反本法第六十五条规定的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门依照第一款规定给予处罚。
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