补缴以前年度的增值税的账务处理应当采用进项税额转出和减免税额转入的账务处理方法。
1、对于补缴认定正确的增值税，应当将应纳税额转出“应交税费增值税本期应交”，转入“应交税费增值税补缴”科目，确认应补缴增值税凭证应记入“营业收入”科目，进行冲销。
2、对于补缴发票未开出或者已开出但认定有误的增值税，应当先将应纳税额转出“应交税费增值税本期应交”，转入“减免税额增值税本期减免”科目，抵扣本期纳税义务，如果还有剩余，再转入“减免税额增值税累计减免”科目，以备下一期使用。
补缴以前年度增值税会计分录如下：
1、计提时：借：以前年度损益调整贷：应交税费——增值税检查调整。
2、查补转出增值税时：借：应交税费——增值税检查调整贷：应交税费——未交增值税。
3、补交增值税时：借：应交税费——未交增值税贷：银行存款。
4、结转损益调整时：借：利润分配——未分配利润贷：以前年度损益调整。
拓展知识：补缴增值税发票与原始发票在发票用途、可抵扣比例、争议解决上都有不同。补缴发票不能被当作原始发票来进行税收优惠，也不能用于向税务机关证明可扣除的费用项目。因此，补缴发票的用途是有限的，只能通过进项税额转出和减免税额转入的账务处理来确认税收凭证的真实性。
补缴增值税计入应交税费—应交增值税借方核算，滞纳金计入营业外支出科目核算，增加计入借方核算。
以前年度损益调整的主要账务处理：
（一）企业调整增加以前年度利润或减少以前年度亏损，借记有关科目，贷记本科目；调整减少以前年度利润或增加以前年度亏损做相反的会计分录。
（二）由于以前年度损益调整增加的所得税费用，借记本科目，贷记“应交税费——应交所得税”等科目；由于以前年度损益调整减少的所得税费用做相反的会计分录。
（三）经上述调整后，应将本科目的余额转入“利润分配——未分配利润”科目。本科目如为贷方余额，借记本科目，贷记“利润分配——未分配利润”科目；如为借方余额做相反的会计分录。
本科目核算企业本年度发生的调整以前年度损益的事项以及本年度发现的重要前期差错更正涉及调整以前年度损益的事项。企业在资产负债表日至财务报告批准报出日之间发生的需要调整报告年度损益的事项，也可以通过本科目核算。
补缴以前年度的增值税，需要根据实际情况来确认对应的会计分录，比如企业以前已经计提、申报，只是尚未缴纳的。