关于气功有很多未解之迷，气功大师们众说纷纭，气功研究人员各持己见。用自然科学勉强解释部分气功现象时自相矛盾，大部分现象则无从解释。
气功是在放松、入静后的意念引导下（调神，有的功法只要求放松、入静，不要求意念），通过调整呼吸（调息,有的功法只要求呼吸自然）和一定的姿势或动作（调身）而使身心得到自我调整的修练方法。调神、调息、调身又称为气功三要素。
修练气功最基本的功效是身心得到调整，强身健体，进而可以防病治病，延年益寿。修练到一定程度时，则可以使修练者的意思境界不断提高，并获得特异功能。但有些功法修练不当则有出偏现象，轻者身体不适，重者致病，不可收拾。
气功何以有这般威力? 按照人们通常的说法，气功可以调动人体的内气或者说是真气、元气、精气等等，或吸收、利用大自然之“气”，或者练“精”化“气”，练“气”化“神”。气功门派不同，说法不一，但都要练“气”。此气功之“气”动则血行、神旺、延年祛病，滞则血淤、神衰、生病、缩短寿命。“人之生、气之聚也，聚则生、散则死。”此气乃人体生命之本，内连五脏六腑，外络四肢百骸，无所不致。
气功之气是什么? 这个问题一直没有得到科学的回答。目前人们普遍认为，气功之气虽然一般说来常人看不见、摸不着，也不能被直接感觉到，但它是一种客观存在的物质性的东西。现在有些气功师发出的外气，有的常人可以看见，有的可被仪器检测到，有的可改变其它物质的形态，情形不一。但是，同人体经络一样，只认识到气功之气是一种客观存在还远远不够，人们还不清楚它到底是一种什么物质，它的性质怎样，它是如何在人体内发生作用的?
修练气功可以获得特异功能，特异功能有很多种类和形式。目前，国际上承认的有两类：一类称作特异感知，指不用正常的感觉器官进行感知，能感知到正常人感知不到的事物或信息，如耳朵识字、内视、透视、遥视、微视等。内视可看到自身体内的各器官、内气流转等；透视能透过人体看到他人体内的器官及病变，有的能看到他人体内的经络、穴位及内气运行情况；遥视能看到千里之外的人或事物；微视能看到常人看不到的极细微的东西；另一类称作特异致动，指不通过任何形式的实际接触而对环境或物质对象施加物理作用，包括意念移物（又称意念搬运）、意念改变物质的存在形态，如制作信息水、意断钢丝、意念停表等。
此外，还有特异治疗功能，即不依靠任何常规的医疗手段，仅凭人体特异能量对病人进行治疗；又如隐身功能，具备这种功能的人可以使自身隐形，并能穿墙破壁，进入封闭的房间，这在人体特异功能现象中较为少见，是非常高级的功能。
特异功能现象目前还没有得到科技界的普遍承认，虽然有一些科学家在不断地对此进行考察、研究。原因是多方面的，其中如下原因是主要原因：
1．特异功能现象不稳定，难以任意重复，尤其在对特异功能进行严格的考察和实验时，考察、实验条件越严格，特异功能可重复性越低，演示成功的可能性越小。造成这种状况的原因主要是特异功能是在特异状态下实现的（这种状态可称为特异态或功能态，特异态与正常态的显著区别在于，特异态时逻辑思维中断，发功者要进入松静状态或以一念代万念）。特异态受功能者当时的情绪、周围的环境影响很大。尤其在进行严格实验时，受试者心理紧张、情绪波动等因素会影响受试者进入特异态，或根本进不了特异态，因而影响演示的可重复性。
2．特异功能现象超出了现代自然科学的知识范围，无法解释。
很多科学家曾经针对一些特异功能现象提出过一些假说。但这些假说往往只能牵强地解释这些现象，而不能解释其它现象，或者就这些现象稍作调整便不能自园其说。
如有的学者认为人体特异功能与电磁辐射有关。很多功能者在发功时能对检测电磁波的仪器产生影响，使其指针摆动或有所显示，由此看来似乎电磁辐射理论能够成立。但是进一步的实验又否定了这个理论，在进行实验时若把检测电磁波的探头或其它接受部件去掉，检测仪器的指针仍然摆动或有所显示。
又如用意念使物体穿越实物屏障，特异功能者可用意念使封在玻璃瓶中的药片从瓶底掉下来，用高速摄影机记录这一过程，从高速摄影的照片上可以看到完整的药片一点一点的穿越玻璃瓶。面对这一现象科学家们提出了物质异态说。认为药片在穿越瓶子时是处在异态之中，这时药片中的分子健力减弱了或者不存在了，药片便可从瓶底掉出。但这却是用未知解释未知，因为人们既不知道这种异态为何物，也不知道它的分子健力为什么消失了，以及照片上的药片为什么在这时仍然还是一个完整的形象。
另一些现象更使得现代自然科学一筹莫展，例如特异功能者怎么能从外面进入完全封闭的房间里？如何能控制他人的思维及行动？何以神不知鬼不觉地将物体由一处移至另一处？等等。所以，兰州大学物理系的王水在“物理学面临的危机”一文中说：“正如恩格斯所说：‘凡在人类历史的领域中是现实的，随着时间的推移，都会成为不合理的，因而按其本性来说已经是不合理的，一开始就包含着不合理性’。如今不管你是否原意相信，物理学毕竟又出现了危机：在中国传统文化之一的气功和由来已久的人体特异功能面前，已有的物理学手段和规律都显得无能为力。”“物理学的危机早已开始，革命迫在眉睫。”“对于从事物理学研究的人，‘气功与特异’是一个方向，但愿能有更多的人从事这一探索。”
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