为了进行有效的管辖和统治，元政府实行了行省制度，加强了对边远地区包括台湾和西藏的管辖，西藏正式归属中央政权，成为元朝的一个行政区。行省制度对后世影响深远，作为我国的行政机构一直保留至今。元朝建立后，为维护蒙古贵族的特权地位，建立稳定的统治秩序，按照民族成份和被征服的先后，将全国居民划分为四个等级，第一等级为蒙古人，享有政治、经济特权，可以担任官吏，拥有大量土地。第二等级为色目人，主要包括西夏人、中亚各族人、东欧人等，有一定的特权，可以担任低级官吏，可以携带兵器等。第三等级为汉人，主要包括女真人、契丹人以及北方的汉族人等，他们当中有一些人十分富有，但在法律上受限制较多，也有一些人可以担任较高职位。第四等级为南人，主要指南宋统治下的各族人民，包括汉人。他们当中也有一些人很富有，但却受到元朝法律严厉的制约。等级制度与诸色户籍制度结合，形成了元朝政府对社会的控制网络。虽然有等级制度存在，但蒙古人中依然有很多贫困者，第三、四等级中也有大量的剥削者，阶级矛盾依然是最主要的社会矛盾。这种等级制度是阶级压迫与民族斗争的产物，是民族歧视和民族分化政策的具体体现。
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