口腔溃疡病因复杂，包括病毒感染、细菌感染、消化系统疾病及功能紊乱、内分泌变化、精神神经因素、遗传因素、免疫功能的变化、其他因素如缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12等可降低免疫功能，至今仍不很明确，故临床疗效不很理想。
一般治疗手段分为局部治疗和全身治疗。
局部治疗主要是消炎、止痛、防止继发感染，促进愈合。包括运用
消炎类药物，一般采用药膜、软膏、含漱液、超声雾化剂；止痛类药物；局部封闭；理疗：利用激光、微波等治疗仪或口内紫外灯照射，有减少渗出促进愈合的作用。
全身治疗原则为对因治疗、控制症状、促进愈合、减少复发。一般采用肾上腺皮质激素及其他免疫抑制剂；细胞毒类药物；免疫增强剂；用H2受体阻滞剂治疗胃溃疡；用谷维素等稳定情绪，减少失眠；补充维生素和微量元素等。除疏通二便以外，还应多喝白开水，多吃新鲜蔬菜和水果，少烟少酒，少吃辛辣油炸食品，减少火热的来源。同时注意口腔卫生，适当参加体育活动，增强体质，也是预防口腔溃疡复发的重要措施。
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