奶中的温度应该控制在61℃-63℃，加热30分钟，或是在71℃时加热15分钟，然后迅速冷却10℃，这就是巴氏消毒法。
这种方法可以杀死奶中的全部细菌。冷却的目的是防止残留的芽胞繁殖，并保持奶的品质。
此外刚挤出来的牛奶未经消毒， 含有很多细菌， 包括致病菌， 而且没法确保奶牛本身是否健康，容器、用具等是否卫生，以及运输过程中是否受到污染等，因而很容易受到来源于环境中的大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、假单胞菌、真菌等，以及源于动物体的布鲁氏杆菌、结核杆菌等人畜共患致病菌等的污染。
例如，喝了被布鲁氏菌污染的生奶，有可能患布鲁氏菌病，该病可引起持续发热、多汗、关节痛及肝脾肿大等，当进入慢性期，可能引发多器官和系统损害。其实刚挤出来的牛奶经过消毒或杀菌后基本保留了牛奶的全部营养，因此没有必要直接饮用刚挤出来的牛奶。
巴氏杀菌牛奶和刚挤出来的鲜牛奶在营养上并没有显著的差异，特别是奶中非常重要的蛋白质和钙。唯一有差别的是，生奶因为没有经过热处理，其中B族维生素不会受到大的破坏，所以含量比巴氏杀菌牛奶后高。但实际上，维生素B的主要膳食来源是谷物和肉类，而非牛奶。
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