关于徐福东渡的说法有很多，目前最为可信的说，徐福东渡的地方是日本。还有一些学者说，徐福是去了海南岛、朝鲜，甚至还有人说徐福去了美洲。
最早记载徐福东渡事情的是司马迁的《史记》。在《秦始皇本纪》里面，这样记载徐福和秦始皇之间的事情：齐鲁之地的人徐福上书秦始皇，说海外有三座神山，叫做蓬莱、方丈和瀛洲，上面有仙人居住在那里，请求皇帝允许徐福沐浴斋戒和童男童女一起去为皇帝取来仙药。于是，秦始皇派遣徐福和数千童男童女，去寻找仙山、寻找仙人求取仙药，这是徐福第一次出海。
第二次是在第一次的九年之后，徐福再次上书请求秦始皇允许他带领船队再次出发寻找仙山。他告诉秦始皇第一次寻仙的失败，是因为遇到了大鱼，因为大鱼的阻隔才没有成功，所以这一次他希望船队上配有武器尤其是床弩等大型武器。秦始皇准许了。于是徐福这一次带着童男童女3000人，并且携带了五谷种子，还有工匠一起出海。
按照徐福到达的地方是日本的说法，徐福是把文明传给了日本，促进了日本社会的飞速发展。因此，徐福在日本被尊称为“农耕神”、“药神”等等。根据记载，我们可以推断徐福登陆的地方应该是一处平原，在后代的史书中也多次提到徐福去的地方是日本，并且有说日本一些地方存在着祭祀徐福的祠堂或者神像，甚至一些日本人本人也认为他们是徐福的后代。
徐福东渡之后应该是去了日本，因为他没有找到秦始皇要的长生不老药，所以他就不敢回去了，而是选择在日本岛安家。
根据司马迁所写的《史记》记录，当年秦始皇为了找到东海中三座仙山上的神仙，求取长生不老药，派遣方士徐福带着3000名童男童女、各行各业的工匠和五谷种子，分别乘坐几艘大船远航东海，希望找到传说中的神仙和长生不老的秘术。可随着事件的发展，徐福后来竟然把秦始皇摆了一道。他历经千辛万苦找到了海上的一座岛屿，却发现根本不是什么仙山，也没有所谓的神仙，甚至连人影都不见不到一个，只看到满山的走兽。
徐福失望之余就知道自己根本完不成任务了，如果空着两手回到秦朝的话，按照秦始皇的脾气，肯定不会留下他和这几千人的性命。所以为了保命他只有在这个岛屿定居下来，带着部下过着世外桃源般的生活。据说徐福上了岛屿之后“得平原广泽，止王不来”，根据后世学者的研究，这个“平原广泽”很可能就是日本的关东平原，现代的日本人也一直把徐福尊称为农神，绝大多数学者都认为，徐福就是日本历史上的神武天皇。
日本的前首相相羽田孜也曾公开说过，自己就是秦人徐福的后裔，在过去很早的时候，他和家人的姓都是写作“秦”，日本的历史学家和考古家也对他的家族进行过全面的调查，并在他祖先的墓碑上发现了这个“秦”字。其实古日本关于自己的祖先是徐福有过很多的文献记录，这一切证据都表明，当年的徐福确实来到了日本岛，并且定居在这里建立了自己的国度，他利用带来的五谷种子开辟了日本的农业时代，本来没有人居住的日本岛从此也有了民族。