员工可以向劳动监察部门进行举报。
举报时应提供相关证据，如工资单、劳动合同等，以证明公司的不当行为。劳动监察部门将会对此进行调查，并根据相关法律法规对违法行为进行处罚。
一、了解举报的原因和证据
在举报之前，员工需要了解公司扣除工资的具体原因。如果公司扣除工资的行为违反了相关法律法规或劳动合同的约定，员工可以考虑进行举报。在举报之前，员工需要收集相关证据，如工资单、银行转账记录、劳动合同等，以证明公司的不当行为。
二、选择举报途径
员工可以选择向当地的劳动监察部门或劳动仲裁机构进行举报。劳动监察部门是负责监督企业遵守劳动法律法规的政府部门，可以对违法行为进行处罚。劳动仲裁机构则是负责解决劳动争议的机构，可以帮助员工维护自己的合法权益。
三、提交举报材料
在提交举报材料时，员工需要详细陈述公司扣除工资的情况，并提供相关证据。举报材料应当真实、准确、完整，以便劳动监察部门或劳动仲裁机构进行调查。
四、等待调查和处理
劳动监察部门或劳动仲裁机构将会对举报进行调查，并根据相关法律法规对违法行为进行处罚。如果员工举报的情况属实，劳动监察部门可以要求公司返还扣除的工资，并对公司进行相应的处罚。如果员工与公司之间的争议无法通过劳动监察部门解决，员工还可以考虑向法院提起诉讼。
综上所述：
如果公司扣除了员工的工资，员工可以向劳动监察部门或劳动仲裁机构进行举报。在举报之前，员工需要了解扣除工资的原因，并收集相关证据。举报材料应当真实、准确、完整，以便相关部门进行调查。如果举报情况属实，劳动监察部门可以要求公司返还扣除的工资，并对公司进行相应的处罚。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》
第五十条规定：
“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
《中华人民共和国劳动合同法》
第三十条规定：
“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，及时足额支付劳动者的劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。”
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