主要区别如下：
1、权限范围不同。公司章代表公司，可以用于公司一切事务过程中需要用印地方；人事章代表公司人事部门，仅仅用于与人事相关的文件，记录等用印。
2、办理方式不同。公章办理的手续更加繁琐。
3、法律效益不同。公章有更大的法律效益。
扩展资料
刻章手续
由于公安部对办理刻制印章的手续未作统一规定，所以各地公安机关对刻制印章手续的规定有所不同。根据刻制印章的种类不同，手续也不一样。
一、刻制党政、国有或集体企业、事业单位及其内部机构的公章，一律凭本单位的上一级领导部门或批准成立的部门开具的证明文件或信函，到本单位所在地县级以上公安机关治安管理部门办理审批手续，经公安机关审查后，发给刻制印章通知单或介绍信、证明等，到公安机关指定的刻字厂或刻字店刻制公章。
学校刻印章，必须持教育行政部门出具的证明，到所在地的县以上公安机关办理审批手续，经批准后，方可到指定的刻字店或工厂刻制。
地方性社会团体的印章，由地方社团登记管理机关出具证明，经该社团总部所在地的公安机关办理准刻手续后，由地方社团登记管理机关制发。
外地单位需要刻制公章，首先须到该单位原籍所在地县级以上公安机关办理刻制印章介绍信或证明，然后凭此介绍信或证明再到刻字厂或刻字店所在地的同级公安机关换取刻制印章通知单或介绍信，到公安机关指定的刻字厂或刻字店刻制。
二、刻制国有、集体企业单位的财务章、合同章、业务专用章及银行的转帐章、现金收讫章、现金付讫章，需凭本单位开具的介绍信和营业执照，到本单位所在地县级以上公安机关登记备案，经公安机关审查后，签发刻制印章通知单或介绍信，到公安机关指定的刻字厂或刻字店刻制。
三、资企业刻制上述印章，需凭营业执照和《三资企业备案证》，如果企业为中外合资、中外合作企业，必须执中方开具的介绍信，到本单位所在地县级以上公安机关办理刻制印章通知单或介绍信，然后凭着通知单或介绍信，到公安机关指定的刻字厂或刻字店刻制。
刻章需到持有《特种行业许可证》的刻制单位刻制公章，一切私刻公章均属违法行为，所刻印章无任何法律效力。
参考资料来源：百度百科：公章
人事章代表公司人事部门，仅仅用于与人事相关的文件，记录等用印。
公司章可以覆盖人事章的用途，如员工劳动合同，用公司人事章可以，用公司章也有同等效力。
公司章效力高于人事章，如公司干部任免公告，一般用公司章；而公司其它内部岗位调整公告，用人事章；
反之，人事章不能代替公司章。
人事章代表公司人事部门，仅仅用于与人事相关的文件，记录等用印。
公司章可以覆盖人事章的用途，如员工劳动合同，用公司人事章可以，用公司章也有同等效力。
公司章效力高于人事章，如公司干部任免公告，一般用公司章；而公司其它内部岗位调整公告，用人事章；
反之，人事章不能代替公司章。
公章代表公司，人事章代表人事部门。
拓展内容：
公章（official seal）：国家机关、团体、企事业单位用自己法定主体行为名称制作的签名印章。由于公安部对办理刻制印章的手续未作统一规定，所以各地公安机关对刻制印章手续的规定有所不同。我国对公章的管理有健全司法管理体系，任何私刻都是违法犯罪的，对于脱离法定主体行为虚构私自刻制的印章，按伪造行为主体的犯罪论处。
人事章：人事部业务专用章只对该印章只对业务范围内的文件承担责任，使用范围一般为公司对外洽谈，开展，运作，结算具体业务时使用。业务专用章不得签定经济合作方面的合同印章包括：公司文件签署用章、公司收发货章、公司管理用章、公司业务用章、公司财务用章等。
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