两法的主要区别有：
（一）规范的主体不同
《政府采购法》规范的主体是各级国家机关、事业单位和团体组织。
《招标投标法》规范的主体则无限制，凡是在我国境内的任何主体进行招标投标活动（强制或自愿），包括私人企业以及其他非法人组织。并且，《招标投标法》不但规范招标（采购）主体，也规范投标（销售）主体，这与《政府采购法》规范的主体很大不同。
实践中，招标投标法许多条文是针对强制招标（工程建设项目及相关的货物、服务）而言，不适合当事人自愿招标的情况。
（二）规范的行为性质不同
政府采购法，规范的是政府采购行为。这种行为不仅包括招标采购，还包括询价采购、竞争性谈判采购、单一来源采购行为。
招标投标法，规范的是招标投标行为。是指招标人以招标公告或投标邀请书的方式，公开选择卖方一种交易方式。仅指“标买”，不包括“标卖” 。是一种民事行为同时从行为的过程看，政府采购行为要比招标投标行为来得长而复杂。
（三）强调的法律责任不同
虽然《政府采购法》与《招标投标法》都涉及民事责任、行政责任和刑事责任的规定，但两者的侧重点是不同的。
由于《政府采购法》属于行政法的范畴，规范的是政府机关单位如何管理规范政府采购行为，因而它强调的是行政责任；
《招标投标法》属于民法、经济法的范畴，招标投标行为是一种民事行为，因而强调的是民事责任。
（四）管理体制与操作模式的不同
1、管理体制。
政府采购是实行财政统一管理，监察、审计和行政主管部门分工监督的体制。最高领导机关是财政部。
招标投标是实行发改协调指导，各行业（行政）主管部门归口监督的体制。最高领导机关是发改委。
2、执行模式。
政府采购实行集中采购和分散采购相结合的模式，采取强制委托和自愿委托的形式。
招标投标实行分散采购（包括分散委托和自行组织）的模式，由招标人自愿委托。
3、采购目录和限额标准（招标范围和规模标准）
政府采购按预算隶属关系由国务院和省级政府或授权部门制定并颁布。
招标投标由国家发改委会同有关部门制订，报国务院批准后公布。
4、采购方式审批
非公开招标的政府采购方式由市级以上财政部门审批。
邀请招标方式由国家发改委或省政府批准。
5、供应商（投标人）资格要求
政府采购对供应商资格除了技术要求和能力要求外，还有政策性要求，如纳税、环保、社保、就业等要求。
政府采购除了邀请招标方式允许对供应商进行资格预审，公开招标却不可以；而招标投标中却均允许，而且比较普遍。
以联合体形式参加的，政府采购对一般供应商资格条件，联合体各方均应具备，特定资格条件，只需其中一方具备；招标投标要求联合体各方均应具备，并按资质最低的一方确定资质等级。
6、质疑、投诉不同
政府采购中供应商质疑、投诉是特指供应商认为采购文件、采购过程及采购结果使自己权益受到损害的，可以向采购组织单位和财政部门进行申诉和监督的行为。
对政府采购供应商质疑、投诉按规定进行受理、答复是采购组织单位和财政部门的应尽职责和法定义务，否则供应商可以行政复议或行政诉讼。
招标投标法的异议、投诉是指投标人和其他利害关系人只要认为招投标活动不符合本法规定的，均有权向招标人提出异议或向有关行政监管部门投诉。
投诉人和投诉事项宽泛，不必提供确切证据，不会引起诉讼风险。