1、种类不同
巴旦木是桃属中扁桃亚属的植物;
而杏仁属于蔷薇科植物。
2、 形状不同
杏仁果为扁平卵形，一端圆，另一端尖;
巴旦木的果实呈扁而长，好似椭圆的形状。
3、产地不同
巴旦木是新疆维吾尔人民最珍视的干果，主要产在天山以南喀什绿洲的疏附、英吉沙、莎车、叶城等县。
杏仁主要分布于河北、辽宁、东北、华北和甘肃等地。
4、个头大小不同
杏仁果实比巴旦木果实小很多。
5、果壳坚硬程度不同
杏仁果果壳较硬，不易剥开;
巴旦木的果壳很薄，用指甲盖就能抠开。
6、果实的表皮颜色不同
杏仁果覆有一层褐色的薄皮;而巴旦木的果皮呈土黄色。
7、果实气味不同
巴旦木的果实有特殊的甜香风味。杏仁的气味芳香微苦。
8、功效不同
巴旦木：
巴旦木营养价值比同重量的牛肉高6倍，含有少量胡萝卜素，维生素B1，B2和消化酶、杏仁素酶、杏仁成、钙、镁、钠、钾，同时含有铁钴等18种微量元素。
巴旦木可以安神，开窍，健脑，明目益肾，润肺，润肠，生精，健身，健胃等。主治心悸喘咳，肾气不足，腰膝酸软，阳痿尿频等病症。除与汉族用药的相同之处外，维药甜巴旦木更具其独特的功效。
杏仁：
杏仁含有丰富的但不饱和脂肪酸，有益于心脏健康;含有维生素E等抗氧化物质，能预防疾病和早衰。
虽然杏仁有许多的药用，食用价值，但不可以大量使用。杏仁含有毒物质氢氰酸，过量服用可致中毒。所以，使用前必须现在水中浸泡多次，饼加热煮沸，减少以至消除其中的有毒物质。