按照《波茨坦公告》的原则，苏美英三国外长于1945年12月在莫斯科通过了《莫斯科会议协议》，规定盟国驻日最高统帅部应采取一切必要措施，确保协议中有关日本投降及占领和管制日本的各项内容得以顺利实现。
经过中国、苏联、美国、英国、法国、澳大利亚、加拿大、新西兰、荷兰等9国的反复磋商，达成协议，决定将日本首要战犯交由上述9国代表组成的国际军事法庭进行审判。此后印度和菲律宾代表也参加了这个协议，远东国际军事法庭遂由这11个国家的代表组成。
根据莫斯科外长会议协议，盟国驻日最高统帅麦克阿瑟于1946年2月19日发布特别通告，宣布在东京设置远东国际军事法庭，并于同日批准了《远东国际军事法庭宪章》。宪章规定，法庭有权审理三种犯罪：（甲）破坏和平罪；（乙）违反战争法规及惯例罪；（丙）违反人道罪。国际军事法庭以审理甲级战犯为主，乙、丙级战犯交由受害国自行组建法庭审理。