栽后2～3年收获。一般于秋末茎叶枯萎后或早春解冻后萌芽前采挖，因根长得深，要深挖，防止断根。根挖出来后，要抖去泥土，剪去茎叶，晒至半干，撞去外皮，再迅速晒干或烘干。也可切片后再晒干，但不可用水洗，也不可趁鲜切片，否则在破皮处会变绿色。
在晾晒时应避免在强光下曝晒，因曝晒过度会使黄芩变红。同时还要防止被雨淋湿，因受雨淋后黄芩的根先变绿后变黑，都会影响质量。成品以坚实无孔洞，内部呈鲜黄色的为上品。一般3～4千克鲜根可加工成1千克干货。单产干货200～300千克，高者可达380千克以上。
据报道：山东泰安，大面积平均产量：（667米2）一年生164千克，二年生386千克，黄芩甙含量，一年生9.73%，一年半11.5%，二年生12.5%，比药典规定的要高得多。1985年药典规定：二年生5.24%，三年生7.92%。