研究发现，每天喝适量的咖啡因有加速新陈代谢，促进消化、改善便秘，提振精神、止痛等功效。就心理层面上，喝咖啡是一种享受，也可以纾解压力、放松心情，同时也会剌激肠胃蠕动，产生通便作用。在餐后饮用，会促进胃液分泌，所以对消化有所帮助。
医学研究指出，咖啡豆含有糖类、蛋白质、脂肪、钾、粗纤维、水等营养成分。此外、咖啡还含有咖啡因、单宁酸、生物碱等有益人体健康的成分。许多研究指出，适量喝咖啡，即每天喝两到四杯，能刺激交感神经系统，产生提神和减除疲劳的效用；也能让血管放松、促进血液循环，预防心血管疾病，也能帮助头部的动脉收缩，有助于纾解偏头痛。
咖啡虽然好处多多，但不可否认的，咖啡并不是没有缺点，喝多了也会对身体产生害处。有研究发现，在咖啡饮用量很多的国家，普遍存在「缺铁性贫血」的问题，因为咖啡会影响我们身体对铁质的吸收。咖啡中所含咖啡因会刺激我们的中枢神经系统，引起不安、焦虑、失眠，也会刺激胃酸，增加血中脂肪酸及葡萄糖等现象。
国外有些研究发现，妇女喝过量咖啡会造成骨质流失；有些研究显示，血压偏高的人最好少喝咖啡，如果每天连续喝两、三杯咖啡，会让血压增高。另外也有研究指出，喝咖啡过量会造成坏脂固醇上升，后来证实引致血清胆固醇增加的不是咖啡因，而是咖啡豆油。要清除豆油不难，只要煮咖啡时用张滤纸，就能把油滤去了。
研究也发现，过量饮用，咖啡因会让牙齿变色、较易患关节炎，还会刺激胆激素释放，促进胆囊的收缩，患有胆结石且曾产生绞痛的人，喝咖啡可能加重症状。咖啡因也会造成颈动脉的阻力增加，而使供应胎儿成长的血流量减少，使养分和氧气的供应受影响，这可能是咖啡造成婴儿体重减轻或孕妇流产的原因。
值得注意的是，饮用过量咖啡有可能得到心血管疾病，美国临床营养学杂志曾发表研究，每天饮用咖啡超过两百西西以上的男女共三千人，发现喝咖啡者发炎指标包括反应蛋白质C、组织坏死因子、及白血球数目等，比不喝咖啡者呈有意义的升高，且咖啡喝愈多，指标上升愈高。
发炎指数升高，以后罹患心血管疾病的风险也愈高。因此，建议有心律不整或心血管疾病的人，最好少喝咖啡。此外，钾离子太低的人也不可饮用咖啡，因为咖啡有利尿作用，会把体内的钾离子排掉，影响肾功能。
过量会中毒
咖啡跟药物、食物一样，过量会引发中毒。
喝咖啡虽有益健康，但就医学的观点来看，能不喝最好少喝，因为咖啡喝多了容易上瘾。
不要喝过量，每天喝1000cc以上，已经到达中毒标准，连麻醉药剂都没效。为了健康，她慢慢减量，现在一天大约只喝七百西西左右。
咖啡跟药物、食物一样，过量会引发中毒。前阵子，曾有艺人饮用咖啡减肥，引发严重副作用的案例。每天大量饮用咖啡因，超过5公克到10公克（约每天饮用150cc滴注式研磨咖啡45杯以上，或300cc马克杯23杯以上），则可能会引起全身抽搐、昏迷、严重脑水肿、低血钾、或心律不整、心脏麻痹，可能会有死亡的危险。
不仅咖啡，市售含咖啡因饮料，每天饮用也不宜过量，如果每天摄取咖啡因超过五百毫克到一千毫克（一公克），约每天饮用150cc滴注式研磨咖啡4杯以上，或300cc马克杯两杯以上，即会有咖啡因轻度中毒的症状出现，例如烦燥不安、焦虑、易怒、心悸、恶心感，及尿液增加的利尿作用出现。
大量喝咖啡易引起中毒，长期喝咖啡因也会成瘾。每天摄取咖啡因愈大，则成瘾的机率也愈大，速度也愈快。咖啡成瘾的人一旦不喝咖啡，就会有头痛、全身疲倦、打呵欠等戒断症状出现，但只要忍耐住，数天不喝即可恢复正常。
喝咖啡Tips：
每天饮用咖啡不要超过4杯滴注式研磨咖啡（如美式咖啡、拿铁、卡布奇诺），以防止轻度中毒的产生。如果喝咖啡后有烦燥不安、焦虑、易怒、心悸、恶心等症状出现，最好当天不要喝可乐、茶等含啡咖因的饮料。
根据最近2004年的研究报告，咖啡因会通过胎盘被婴儿吸收，进入婴儿体内，危害婴儿的大脑、心脏，因此孕妇最好不要喝咖啡。
18岁以下的青少年还在发育，最好少喝含有咖啡因的饮料。
早晨喝咖啡有助于头脑清醒，但不可空腹饮用，以免伤及肠胃。患有十二指肠溃疡的人，应避免空腹喝咖啡。
喝咖啡后不要马上抽烟或喝酒，否则会促进血液循环增加心血管负担，不利于心脏健康。
咖啡因虽然可以提振精神，但喝太浓或喝过量反而会让人变得急躁、理解力减弱。
喝咖啡最好加奶精，可以缓和对胃的刺激，但要控制糖的摄取量，以免肥胖。
有胆结石的人若喝太多咖啡，可能会因为咖啡因刺激胆囊收缩而疼痛不已。因此有胆结石的人最好不要喝咖啡。
饮用时间是关键
对健康的人而言，要说咖啡因的最大坏处就是它可能使人喜欢不断地喝。咖啡有优点也有缺点，如何取其好处而避免诸多坏处？这必须从喝咖啡的时间、习惯及摄取量三方面来探讨。
喝咖啡的时间很重要。因为在饭前一个小时喝咖啡，并不会降低铁质的吸收，但饭后一小时喝咖啡，则会降低人体对铁质的吸收能力。空腹喝咖啡，则会刺激肠胃而引起不适，为了不刺激肠胃，又不至于降低对铁质的吸收，建议最好饭后三十分钟再喝咖啡。
至于早上喝还是下午喝好？因人而异，因为每个人对咖啡的耐受性不同，有人下午喝晚上就睡不著，但有人睡前喝还照样睡得著，她认为，咖啡迷应该自己控制喝咖啡的时间，才不至于为了享受香醇的咖啡，必须忍受失眠之苦。
浓度影响健康
在喝咖啡的习惯方面，不同的冲泡法会影响对铁质的吸收。一杯「滴泡咖啡」，会使得人体对铁质的吸收率从5.88％降低到1.64％，如果喝即溶咖啡更糟，会使人体对铁质吸收率降到0.96％，而且当咖啡浓度增加一倍时，人体对铁质的吸收率更是降到0.53％。
另外，传统的奶精所含的内容物其实多是植物油，而不是乳制品，建议用鲜奶、奶粉取代奶精，以补充喝咖啡时可能流失的钙质。值得注意的是，肠胃系统不够好的人也不可加太多糖，才不会对肠胃造成刺激，肠胃不好的人，过了中午以后应该减少饮用咖啡，以免造成肠胃不适。
宜放冰箱保存
很多人嫌麻烦，喜欢一次买很多咖啡豆，或是把300至400公克的咖啡豆磨成粉放在家里，这样反而容易使咖啡变质产生致癌物。在气候高温潮湿，咖啡豆放在常温下很容易产生赭麴毒素，像有些咖啡店将咖啡豆暴露在空气中，残存在咖啡豆里的赭麴菌，很容易在足够的湿度及室温下，不断地繁殖产生赭麴毒素。
人吃进过多的赭麴毒素，除了会引发肾病变外，在动物实验中也发现有流产、肝脏伤害及致癌的危险性。要避免吃进赭麴毒素，最好把吃不完的咖啡豆或咖啡粉密封置于冰箱中保存比较安全。
咖啡豆很容易变质，咖啡豆或咖啡粉最好放在冰箱中冷藏，且一个月之内一定要喝完，不然咖啡会变质而产生致癌物。最好的方法就是每天要喝咖啡时，才从冰箱里取出豆子来磨，马上冲泡最新鲜。
咖啡对人体的影响
咖啡的好处
减肥
喝咖啡可以消脂、甩肥肉？营养师表示，喝咖啡可以使人体新陈代谢率加快3至4％，提高人体消耗热量的速率，有助于体重的控制。但前提是必须喝黑咖啡，若加糖和奶精，一包糖包与奶油球约有50大卡的热量，每天6杯咖啡就有300大卡，如果没有适度运动，长期下来反而易发胖。
止痛
咖啡因具有止痛效果，像感冒糖浆里所含的咖啡因就具有此功效。有偏头痛的人可喝咖啡解决此问题，效果不错。但最好在产生前兆时就喝，因为要在喝后10至30分钟才能发生作用。
咖啡的坏处
诱发乳癌
咖啡因会刺激乳腺，导致乳腺纤维囊肿，甚至转化成乳癌。
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