法律分析：从两处或者两处以上取得工资或薪酬，预缴税款时重复扣除了5000元/月的基本减除费用。除工资薪金外，还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费等收入，各项综合所得的收入累计导致适用综合所得年税率高于预扣率。预扣预缴时扣除了不该扣除的项目，或者扣除金额超过规定标准，年度合并计税时对扣除额进行了调减而导致个税增加。纳税人或扣缴义务人没有申报收入并预扣预缴税款，需对未申报收入进行补充缴税。因计算失误、工作疏忽造成少缴或未缴税款，需要补缴税款的，则要根据具体情况，实行区别对待：因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人少缴或未缴税款的，税务机关可以在3年内要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金;因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或少缴税款的，税务机关可以在3年内追征，有特殊情况，追征期可延长至10年。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》 第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。 第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。