不管有没有书面通知，公司扣员工工资一般是不合法的，如果在劳动者没犯错，没有明显扣罚工资理由的前提下，公司这样扣钱是不合法的，劳动者可以到劳动局申请劳动仲裁。用人单位的行为不合法，用人单位拖欠工资报酬，劳动者可以向劳动行政部门投诉，在劳动行政部门责令支付后仍不支付的，用人单位还需要向劳动者加付赔偿金。
法律分析
公司不能随便克扣员工工资，在签订劳动合同后，用人单位同劳动者之间就存在劳动关系，劳动者的合法权利依法受到保护，如果用人单位随便克扣劳动者的工资，劳动者可以到劳动仲裁委员会申请仲裁。辞职不会被扣工资，提前三十日书面提交辞职书即可，根据规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十。用人单位以辞职为由扣工资可以到当地劳动监察大队投诉。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的、低于当地最低工资标准支付劳动者工资的、安排加班不支付加班费的、解除或者终止劳动合同未依照相关法律规定向劳动者支付经济补偿的情形的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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