食品加工、贮存、运输、销售、烹调到食用整个过程的各个环节，都有可能遭受各种有害物质和病原菌的侵袭污染，不仅使食物的营养价值和卫生质量降低，而且会引起各种食源性疾病和传染病。
污染食物的有害物质，依其性质主要有3类：生物性污染、化学有害物污染、放射性污染。
生物性污染
包括微生物、寄生虫及虫卵、昆虫等对食物的污染。微生物污染的菌源主要包括细菌及细菌毒素、霉菌及霉菌毒素等。这些微生物污染食物后，在适宜的条件下大量生长繁殖，可使食物的感官性质恶化，营养价值降低，甚至引起严重的腐败、霉烂和变质，产生各种危害人体健康的毒素，以致引起各种疾病和食物中毒。
黄曲霉毒素污染食物，是黄曲霉菌产生的一种代谢产物。黄曲霉菌广泛存在于自然环境中，其中大约有30%～60%的菌株能产生黄曲霉毒素(以黄曲霉毒素B1为代表)。受污染的食物主要有粮食、花生、豆类、食用油、发酵食品等，其中玉米、花生和花生油易霉变而产生黄曲霉毒素。黄曲霉毒素耐高温(50℃高温数小时也不被破坏)，一般加热烹调破坏不了它的毒性。黄曲霉毒素为致癌物质，食用后可发生肝癌等病。
对于家庭来说，防止食品黄曲霉毒素污染，要搞好食品储存中的防霉工作，经常检查储存粮油，做到保持干燥、防止霉变；发现霉变食品，要及时进行除霉去毒处理。对花生油的去毒可采用白陶土吸附法、日光照射法等。烹调时，待锅内油加热冒烟后，加入少量食盐，亦可除去部分毒素。
寄生虫和虫卵污染食物，污染源主要为病人、病畜及水生物。污染方式多由于病人、病畜的粪便污染水源或土壤，从而使家畜、鱼类及蔬菜受到感染或污染。危害人类健康的寄生虫主要有蛔虫、绦虫、蛲虫、肺吸虫、肝吸虫、旋毛虫等。
昆虫污染食物是通过昆虫卵污染的，在温度、湿度适宜时，各种害虫可迅速繁殖，如粮食中的甲虫类、蛾类、螨虫类等，鱼、肉、酱、腌菜中的蝇蛆，腌鱼中的干酪蝇幼虫等。干果、枣、栗及含糖多的食品也易受侵害。
对于生物性污染，家庭厨房一定要做到干净卫生，定期清洁打扫一下。操厨者要保证无传染性疾病，且要讲究卫生。
化学有害物污染
化学有害物质对食品的污染，主要的有：农药中有机氯、有机磷、有机汞等制剂的污染；各种有害金属、非金属以及有机、无机化合物，如工业三废(废气、废水、废渣)中的汞、镉、铅、砷、氟、氰化物、有机磷、有机氯、亚硝酸盐等污染，这种污染有的可直接污染食物，有的经水、土再污染食品，如污染了水，水产品即可被污染；食品工业中不按规定的使用范围和使用标准应用化学添加剂，如防腐剂、着色剂、漂白剂、发色剂、抗氧化剂、酸味剂以及糖精、香精等，如发色剂亚硝酸盐在体内可形成硝酸铵，有致癌作用；含有有毒物质的食品包装材料可造成食品污染，如有的塑料制品易溶出增塑剂、稳定剂等而污染食品。
防止食品受化学有害物质污染的家庭防护措施主要有：不要买未经检验的食品；要严格控制使用色素、添加剂；不要用有毒的包装材料包装和保存食品；如发现有特殊外观、气味和颜色的食品，一定不要食用，以防中毒。
放射性污染
通常情况下，食品放射性污染来源，一是来自宇宙线和地壳中的放射性物质；一是来自于原子能和平利用所产生的放射性物质。防止这类食品污染的主要防护措施在于国家和地方各级卫生部门的监督，家庭要做到不卖不吃未经检验的食品，对怀疑遭受放射污染的食品要坚决弃之。