法律分析：最主要区别在于前者是非在编人员，后者是在编人员，另外二者的待遇也有所不同。
合同工签的是劳动合同，与单位确定的是劳动关系，受《劳动合同法》的约束。事业编都是签合同的，但是这是聘用合同，其决定的不是劳动关系，而是人事关系，所以其不受《劳动合同法》的约束。
事业编是国家统一拨款，且待遇是合同人员的3倍左右，合同工通常是用人单位内部经费解决，通常待遇要低很多，这就是相当于以前所说的临时工。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第三条 订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
第十条 建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
第三十六条 用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。