报告内容包括常规疫情报告（法定传染病报告），特殊疫情报告（暴发疫情、重大疫情、灾区疫情、新发现的传染病、突发原因不明的传染病），传染病菌种、毒种丢失的报告。
（1）甲、乙、丙类传染病，按照《中华人民共和国报传染病告卡》的要求填报。报告卡统一用
A4纸印制，使用钢笔或圆珠笔填写，项目完整、准确、字迹清楚，填报人签名。
传染病报告病例分为实验室确诊病例、临床诊断病例和疑似病例。对鼠疫、
霍乱、肺炭疽、
脊髓灰质炎、艾滋病以及卫生部规定的其他传染病，按照规定报告病原携带者。
炭疽、病毒性肝炎、
梅毒、疟疾、
肺结核分型报告。炭疽分为肺炭疽、皮肤炭疽和未分型三类；病毒性肝炎分为甲型、乙型、丙型、戊型和未分型五类；梅毒分为一期、二期、三期、胎传、隐性五类；疟疾分为
间日疟、恶性疟和未分型三类；肺结核分为涂阳、仅培阳、菌阴和未痰检四类。
未进行发病报告的死亡病例，在填写报告卡时，应同时填写发病日期（如发病日期不明，可填接诊日期）和死亡日期。
（2）传染病专项监测、专项调查信息的报告
对于开展专项报告的传染病（
性病、结核、艾滋病及
HIV感染者），除专病报告机构外，其余各级各类医疗机构发现诊断病例同时进行网络直报。
（3）医务人员发现原因不明传染病或可疑的新发传染病后，应及时向当地疾病预防控制机构报告。疾病预防控制机构立即电话报告上级疾病预防控制机构与同级卫生行政部门，同时做好认真记录与调查核实。
（4）各级疾病预防控制机构或者医疗机构接到任何单位和个人报告的传染病病人或者疑似传染病病人后，要认真做好疫情记录，登记报告人、报告电话、报告事件、疫情发生时间、地点、发病人数、发病原因等。并立即电话报告上级疾病预防控制机构与同级卫生行政部门，同时进行调查核实。
（5）传染病菌种、毒种丢失的报告
传染病菌种、毒种丢失属于《突发公共卫生事件应急条例》规定的突发公共卫生事件的内容之一，各级疾病预防控制机构接到疫情后要在1小时内报告上级疾病预防控制机构与同级卫生行政部门。
报告程序与方式
传染病报告实行属地化管理。实行首诊医生负责制，医院内诊断的传染病病例的报告卡由首诊医生负责填写，由医院预防保健科的专业人员负责进行网络直报。暴发疫情现场调查的院外传染病
病例报告卡由属地疾病预防控制机构的现场调查人员填写，并由疾控机构进行报告。
（1）乡镇卫生院与城镇
社区卫生服务站负责收集和报告本行政区域内传染病信息。有条件的实行网络直报，没有条件实行网络直报的，应按照规定时限以最快方式将传染病报告卡报告本行政区域内县级疾病预防控制机构。
（2）县级及以上医疗机构要实行网络直报。要建立预防保健科，要有专人负责网络直报工作。
（3）交通、民航、厂（场）矿所属的医疗卫生机构，以及非政府举办的医疗机构按照传染病防治法规定的报告方式、报告程序进行报告。
（4）部队、武警等部门的医疗卫生机构接诊地方居民传染病病人时，按照传染病防治法规定向属地的县级疾病预防控制机构报告。
报告时限
责任报告单位和责任疫情报告人发现甲类传染病和乙类传染病中的肺炭疽、
传染性非典型肺炎等按照甲类管理的传染病人或疑似病人时，或发现其他传染病和不明原因疾病暴发时，应于2小时内将传染病报告卡通过网络报告。
对其他乙、丙类传染病病人、疑似病人和规定报告的传染病病原携带者在诊断后，应于24小时内进行网络报告。
不具备网络直报条件的医疗机构及时向属地乡镇卫生院、城市社区卫生服务中心或县级疾病预防控制机构报告，并于24小时内寄送出传染病报告卡至代报单位。