太子朱标原谥号“懿文”，其子朱允炆即位后为其尊上皇帝之庙号、谥号、陵号。靖难之役后各项尊号被成祖一应废除，复称“懿文太子”，并对懿文太子父子多有诋毁。后，明安宗、清高宗先后为懿文太子平反，追复其皇帝尊号。
建文四年，燕王朱棣攻破南京，取得靖难之役的胜利，建文帝下落不明。朱棣即位后否定建文帝的正统性，废除建文年号，改称“洪武三十五年”，对其大加诋毁。之后明朝历代皇帝都拒绝追复建文帝的帝号。后，明神宗恢复“建文”年号。安宗为其平反，上庙号、谥号。清高宗再为其平反改谥。
朱棣原庙号是“太宗”，以后世宗改为“成祖”，原庙号不再使用。
景泰七年，太上皇朱祁镇发动夺门之变，复辟为帝，废景泰帝朱祁钰为郕王，死后谥号“戾”。后宪宗追复其皇帝谥号并改其王陵为皇陵，安宗追复庙号并改谥，清朝后多用宪宗所定谥号。
明睿宗为世宗生父，本为兴王，谥号“献”。世宗即位后，通过长达三年的“大礼议”之争，成功为生父争得皇帝尊号，为其尊上庙号、谥号，改其王陵为皇陵。
清朝对明思宗多不称庙号，只称谥号。
甲申之变后，皇太子朱慈烺被李自成所获，封为宋王，李自成兵败后吴三桂奉其还京，请求清摄政王多尔衮立其为明朝皇帝，年号“义兴”，不允，携慈烺逃走，后无记载，或曰死于陕西。安宗为其上谥号，监国鲁王朱以海更追谥其为皇帝。另有说法，南都太子案中被处死的“假太子”其实正是朱慈烺本人，但多数史书不认同这种说法。
隆武二年/清顺治三年十一月，隆武帝被清军俘获，自缢。其弟唐王朱聿鐭称帝，预定改次年为绍武元年，然同年十二月（公历已是1647年初）即兵败自缢，“绍武”年号从未使用。
绍武帝死后，郑成功不知道永历帝已即位，于永历二年在南澳岛拥立淮王朱常清为监国。次年，永历帝使者抵达南澳，宣读诏书，朱常清主动取消监国之位，东武年号也没用过。
朱亨嘉表面监国实际称帝，将他之前除朱元璋以外所有明朝皇帝的帝号、庙号、年号全部废除，称洪武278年。
永历十三年/清顺治十六年（1659）朱由榔出逃缅甸，这实际已标志着南明灭亡，此时南明在大陆境内已无寸土。
永历十六年/清康熙元年，永历帝父子及亲眷25人被吴三桂杀害，明朝彻底宣告结束。但台湾的东宁王国一直使用永历年号直到永历三十七年/清康熙二十二年郑克塽降清为止。
关于“定武帝”是否真实存在，究竟是谁，一直有争议。野史认为其为韩王朱本铉，但这种说法破绽太多，可信度不高。现代也有学者认为定武帝是第十五代韩王朱亶塉，但证据也不充分。
1.明太祖，洪武皇帝，朱元璋1368年-1398年在位
2.明惠帝，建文皇帝，朱允炆1398年-1402年在位
3.明太宗（成租）永乐皇帝，朱棣1402年-1424年在位
4.明仁宗，洪熙皇帝，朱高炽1424年-1425年在位
5.明宣宗，宣德皇帝，朱詹基1425年-1435年在位
6.明英宗，正统（天顺）皇帝，朱祁镇1435年-1449年，1457年-1464年在位，因做过两次皇帝，故用两个年号。
7.明代宗，景泰皇帝，朱祁钰1449年-1457年在位
8.明宪宗，成化皇帝，朱见深1464年-1487年在位
9.明孝宗，弘治皇帝，朱佑樘1487年-1505年在位
10.明武宗，正德皇帝，朱厚照1505年-1521年在位
11.明世宗，嘉靖皇帝，朱厚熜1521年-1567年在位
12.明穆宗，隆庆皇帝，朱载垕1567年-1572年在位
13.明神宗，万历皇帝，朱翊钧1527年-1620年在位
14.明光宗，泰昌皇帝，朱常洛1620年在位28天
15.明熹宗，天启皇帝，朱由校1620年-1627年在位
16.明思宗，崇祯皇帝，朱由检1627年-1644年在位
朱棣去世后，其长子朱高炽即位，即明仁宗，年号洪熙。其统治偏向保守固本，任用“三杨”（杨士奇、杨荣、杨溥）等贤臣辅佐朝政。