1.病原物存在于种子表面
植物病害病原物附着于种子表面，如谷子白发病菌卵孢子、十字花科黑斑病菌的分生孢子等。某些病原细菌也可以附着在种子表面，如黄瓜角斑病与番茄萎蔫病病原细菌。大多数植物病原细菌不能长期存活于种子表面，这与种围微生物的拮抗作用有关。
植物病毒病害中只有烟草花叶病毒病被证实病毒粒体可以黏附于番茄种子表面，但烟草种子表面却不带毒。番茄种子表面带毒的关键因素是番茄种子上有黏液和绒毛，病毒颗粒黏附于湿润的种子绒毛上，干燥后病毒颗粒就被包于绒毛间。烟草种子从瘦果裂出，表面光滑，病毒颗粒无从沾着。
2.病原物寄生于种皮及颖内
指病原物已侵入到果皮、种皮或颖内，与寄主植物或多或少地建立起了一定的营养关系。侵入种子种皮内的菌丝体有了一定的生长发育，细菌进行了繁殖，它们在一定程度上扩大了营养领域。
真菌病害中病原菌以休眠菌丝在种皮内越冬的比较多，如大麦条纹病菌分生孢子落于大麦种子上后便萌发侵入种子颖皮和种皮内，如侵染发生早，外颖基部出现褐色斑，内颖也产生与外颖相似的病斑，说明病菌菌丝体在大麦种子上已有一定程度的扩展；如果侵染发生时间晚，颖壳上不显症状。被侵大麦种子不论显症与否，条纹病菌都能以休眠菌丝在种子上越冬。此外，病原菌在种皮内越冬的真菌病害还有十字花科蔬菜黑斑病、烟草赤星病、芝麻黑斑病、大豆霜霉病等。
有些细菌性病害的病原细菌亦可侵入种皮内，并在那里潜伏越冬。菜豆细菌疫病病原细菌可通过种子珠柄和珠脊侵入种皮内，并在那里越冬。病原细菌在种皮内越冬的植物细菌病害还有十字花科蔬菜黑腐病、小麦黑颖病、水稻细菌性条斑病、水稻白叶枯病等。
有些病毒也可以存在种皮内，但多数被钝化而无传染力。如大豆花叶病毒、菜豆花叶病毒、菜豆普通花叶病毒、黄瓜花叶病毒等。
水稻干尖线虫在水稻孕穗前营细胞外寄生，到幼穗形成初期线虫幼虫进入穗部，先是在茸毛间大量集中危害穗颖壳，后侵入颖壳内部，以成虫或幼虫潜伏于颖壳和米粒间越冬。
3.病原物寄生于种子胚乳内
很多植物病原真菌和细菌可透过种皮或果皮深入种子胚乳中。小麦赤霉病菌、玉米干腐病菌的菌丝可进入小麦和玉米种子的淀粉层。稻瘟病菌、稻胡麻斑病菌、谷瘟病菌等病菌菌丝都可侵入水稻、谷子种子的胚乳内。
植物病原细菌如玉米细菌萎蔫病菌（Erwiniastevuartii）也可进入玉米种子胚乳内。黄瓜角斑病原细菌能进入黄瓜种子胚乳最外层部分。
4.病原物寄生于种子胚和子叶内
植物病原真菌、细菌和病毒中有很多种类可侵染植物种子的子叶、胚芽、胚轴、胚根等部位。病毒病害中种胚带毒传病比较普遍，如大豆花叶病毒、大麦条纹病毒、菜豆花叶病毒、烟草环斑病毒、豌豆种传花叶病毒、蚜传豌豆花叶病毒、黄瓜花叶病毒、莴苣花叶病毒等。属于这种情况的植物病原真菌病害有大麦散黑穗病、小麦散黑穗病、向日葵霜霉病、棉花枯萎病、棉花黄萎病、菜豆炭疽病、大豆炭疽病等，植物细菌病害有番茄细菌性溃疡病、棉花角斑病等。