《明朝那些事儿》是一部科普明朝历史的好读物，在年轻一代网民中有巨大的影响力。然而也确实有一桩明显的白璧之瑕，便是对将明英宗朱祁镇这个祸国害贤的昏君尽可能美化，对真正一代明君明宪宗朱见深，却又过分丑化，实为一大缺憾。
而“夺门之变”后朱祁镇复辟，并杀害于谦一事，该书的描述亦大体依据《明实录》中，由明朝官方种种涂脂抹粉后的说法。还有一颠倒黑白的地方，便是竭力美化朱祁镇天顺复辟后的首辅李贤，甚至吹嘘他是如何「忍辱负重，为于谦报仇」的大功臣，亦与真实史实颇多不合。
朱祁镇不止是杀害于谦的真凶罪魁，更大规模清洗朝堂，杀害众多京师保卫战的有功朝臣。包括内阁辅臣王文和于谦被一同杀害，曾于德胜门之战击退瓦剌首领也先的将领范广更被凌迟处死。
内阁辅臣陈循、工部尚书江渊、刑部尚书俞士悦被发配流放，内阁辅臣萧镃、内阁辅臣商辂、吏部尚书王直、右都御史李、右通政殷谦等罢职。其下尚有众多景泰年间的文武要员被杀害、流放、罢黜。他们大都是国家栋梁之才，却被一心党同伐异的朱祁镇清洗。
明英宗：朱祁镇
除此之外，在朱祁镇复辟后的天顺年间，更有以下种种恶行弊政：
- 平反王振，建庙祭葬招魂，甚至给瓦剌首领也先在京城建庙，感激他放自己回国的“大恩”。对石亨、徐有贞、曹吉祥等“夺门功臣”委以重任。后来石亨石彪叔侄骄纵不法，图谋变乱；太监曹吉祥与其侄曹钦更公然在京师举兵造反。至于《明事》定要将平定石、曹一党，也当做朱祁镇的所谓“功绩”，未免过于无稽。被君主宠信的太监举兵造反，唐朝之后历朝努力限制宦权，整整五百年，也就出了这么一例。重用锦衣卫逯杲、门达等，推行特务统治，放纵他们纳贿弄权，制造多起冤案。各地按察使、参政、巡按等大员因此被罢免和下狱无数，甚至连皇族宗亲也不幸免。如他的堂叔弋阳王朱奠壏，得罪锦衣卫，竟被诬陷与其母乱伦，朱祁镇明知此事荒诞不经，为维护其佞幸的权威，也定要颠倒黑白，草菅人命，下令冤杀朱奠壏母子，并焚其尸。甚至就连朱祁镇在瓦剌时和他相依为命的护驾功臣袁彬，只因不愿违心枉法，助纣为虐，便也被拷打下狱，流放闲置。处置荆襄流民问题，举措不当，在他死后当年，便爆发上百万人参与的荆襄流民大乱。明朝政府历时七年，出动二十五万大军，耗费钱粮无数，才将这场民变镇压下去。轻信蒙古鞑靼部首领的孛来“换道入贡”的谎言，河套地区就此丢失，并导致为祸大明百年的“套寇”。容纵建州女真壮大，开抚顺关马市，养虎为患，遗祸后世千秋。
总而言之，朱祁镇不但可说是明朝从人品到政绩最差劲的皇帝，也更加不是《明事》吹嘘的什么“好人”。
至于朱祁镇复辟后的首辅李贤，也绝不是如《明事》美化吹嘘的那样，什么「忍辱负重，为于谦报仇」的正直大臣。
明朝首辅：李贤
而事实上，这个李贤在复辟之初和徐有贞、曹吉祥等人甚为亲厚，为他们出谋划策甚多，极可能一起谋害于谦的凶手之一。当时著名大臣，”刚直有节、以忠谏名天下“的御史杨瑄做《复辟录》，根据李贤自己撰写的《天顺日录》，便如此认为。
【（曹吉祥）凡事与二学士商议而行。时徐有贞、李贤已为吉祥所引，入阁办事，故除于谦等皆用徐有贞策，而（李）贤阴助之。】
【贤自言助有贞展尽底蕴，又言有贞素行持公者少，予乃持公助之，遂改前辙。观此，则有贞害谦之事谓贤不与谋，可乎？】
【初，亨每来阁议事，则欲以己意令内阁行之，有贞等得无厌乎？又亨欲荐吴与弼，贤乃代草附亨奏之，则吉祥、亨初与有贞、贤相亲厚可见矣。】——明·杨瑄《复辟录》
原来景泰年间，李贤为吏部郎中，当吏部侍郎出缺时，他想直升此职，却被调去兵部作了侍郎；吏部侍郎职位由原兵部侍郎项文曜担任。
明朝体制，向来是吏部为六部之首，高于其他各部。（于谦这个兵部尚书为实际首相的情形，非常特殊，全因为他的社稷功高，威望盖世，明代宗景泰帝对他也异常信重。）
所以吏部官员很少能直接升职，而要先调任其他部去迁转；吏部侍郎、尚书也需由其他部的侍郎、尚书调任，类似情形一直十分普遍。
李贤却认为项文曜这个兵部侍郎是于谦的私党，挡了自己青云之路，因此嫉恨二人不止。他在自己的《天顺日录》「屡言文曜党谦」，甚至污蔑于项两人有同性暧昧关系，说项文曜是”于谦妾“。
【当时以项文曜为于谦妾，士林非笑之。每朝待漏时，文曜必附谦耳言，不顾左右相视，及退朝亦然，行坐不离，既在吏部亦如是。】——李贤《天顺日录》
夺门之变后，李贤便趁机唆使自己亲信的给事中王镇，弹劾项文曜为“于谦奸党”的一员，给项文曜加上一条「知于谦谋反故纵者，律斩」的罪名，以此报却私仇。项文曜上疏求饶称「谦逆谋，臣实不知，乞宥臣罪」，果断和于谦划清界限，朱祁镇便饶他一命，从轻判为流放。
李贤本因明代宗朱祁钰知遇之恩，才超擢提拔为朝廷要员，然而他在《天顺日录》却一边吹嘘朱祁镇是「正统十四年间，上在位未尝有失德事，时王振擅权，致有土木之变，上既回銮，入南城，天下人心向慕不衰」，一边大泼朱祁钰的污水，把他写成一个荒淫无度的昏君，谈及“夺门之变”，则是「景泰淫荡载度，臣民失望，一闻上皇复位，无不欢忭鼓舞」。
连史官都忍不住在李贤的传纪中，讥刺他对明代宗的忘恩负义，以及「抑叶盛，挤岳正，不救罗伦」，排斥异己迫害忠良的种种劣迹。李贤连对叶盛、岳正、罗伦等人尚且如此，何况是皇帝朱祁镇必欲杀之，而他自己也切齿痛恨，大肆诬蔑的于谦呢？
【然自郎署结知景帝，超擢侍郎，而所著书顾谓景帝为荒淫，其抑叶盛，挤岳正，不救罗伦，尤为世所惜云】
铁一般的历史事实，真正豁出大好前程，要为于谦辩冤的贤臣，绝非这个在朱祁镇复辟后春风得意的李贤，而是因此得罪朱祁镇被他下狱，然后从宽免职回家的内阁大臣商辂。
明宪宗朱见深即位后数年，召还商辂为内阁首辅，给于谦平反昭雪，赦免其亲族并加恩，并在商辂力主下，追复景泰帝朱祁钰帝号，以帝皇之礼重修其陵寝。
朱见深身为人子，又不能在诏书中明白说自己父亲的不是，如何恩将仇报，如何冤杀忠良，所以才假称「为权奸所并嫉，在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠」。于谦之冤岂只朱祁镇父子知晓，天下人何人不知？若当真按《明事》所言，以为这是“朱祁镇交待儿子替于谦平反”，实则滑天下之大稽了。
明宪宗：朱见深
明宪宗朱见深不但为人敦厚明智，平反于谦，追复明代宗帝号，论政绩和文治武功也远非朱祁镇可比：
- 是他平定了朱祁镇酿成的荆襄百万流民大动乱；是他征讨建州女真，犁庭扫穴，擒斩包括努尔哈赤之六世祖、建州酋长董山在内的1700余人，并焚毁屯寨四百座，释放被其掠夺的汉人奴隶“包衣”千人；是他重用名臣王越，多次出塞打击蒙古，连中兴蒙古的传奇摄政皇后满海都，也是死在明军的突袭中；是他召回被朱祁镇流放的护驾功臣袁彬，执掌锦衣卫，结束了朱祁镇复辟期间的特务统治……
然而在《明事》中，这些均没有提及，只大肆批判朱见深如何昏庸无道，如何痴恋比自己年长一辈的万贵妃，因此真实历史中明明是中兴大明的一代明君，竟成了许多读者印象中那个宠信奸妃、宦官和奸臣，搞得朝堂和后宫都乌烟瘴气的大昏君了