首先，停职不等于辞退，你朋友如果贸然递辞呈是很难拿到经济补偿金的。至于违约金，先要看看合同里有没有约定；即使有约定，也要根据约定的具体内容判断能否拿到。
然后我们来看现在的实际问题。
1）拒付工钱是违法行为。公司可能会以你朋友违反内部管理制度为由拒发工资，但是只有在造成公司经济损失的前提下，才可以扣工资，而且月扣除额不得超过月工资的20%，扣除后剩余部分也不得低于当地最低工资。（依据参见《工资支付暂行规定》第十六条）虽然正常支付劳动报酬的前提是劳动者提供正常劳动，但既然是单位不许你朋友上班，又不予以辞退，那当然是不合理的。
2）可向当地劳动监察大队投诉举报。克扣工资是违反劳动基准法的行为，直接找劳动监察比较经济，不需要诉讼费。如果不行，也可以再去劳动仲裁委员会要求仲裁。（注意，仲裁时效是60天，自劳动者知道或应该知道权利受侵害之日起算）
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根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣员工工资。什么叫克扣？除了以下四种情况都叫克扣。1）扣税；2）扣社保费；3）员工被法院判决应支付赡养费、抚养费，而由单位代扣的；4）其它。这个其它又一般是指《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，单位有权按照劳动合同约定要求员工赔偿，但是同样，要受到两个限制：1）月扣除额不超过月工资20%；2）扣除后剩余部分不低于当地最低工资。
所以很明显，鉴于“质量问题”是否造成公司经济损失不得而知，即使确实造成经济损失，若不符合十六条的规定，都是克扣劳动者工资。这样劳动者既可以直接找劳动监察大队举报投诉，也可以申请劳动仲裁。
注意：劳动监察的时效是2年，劳动仲裁的时效是60天。
IMPORTANT:若劳动监察处理后，而你不满意结果，只要还在60天有效期内，你就还可以申请仲裁；但是劳动仲裁受理后，即使你不满意结果，也只能沿着民事诉讼的一条路打下去，劳动监察不受理仲裁受理过的案子。所以，如果时间来得及的话，你朋友可以先去监察那里投诉下看看，反正不需要花钱，很合算的说。
参考资料：http://www.64365.com/2005/law/gz.html